New York hade länge tre klubbar i MLB: New York Yankees i American League samt New York Giants och Brooklyn Dodgers i National League. 1958 såldes och flyttades de båda sistnämnda till västkusten och blev San Francisco Giants respektive Los Angeles Dodgers, vilket upprörde många basebollfans i New York. Snart började krafter verka för att New York skulle få en ny klubb i National League. 1962 grundades Mets när National League utökades med två nya klubbar (den andra var Houston Colt .45s). Smeknamnet Mets togs något modifierat efter klubben New York Metropolitans, som verkade i staden 1880–1887 och som sedermera köptes upp och lades ned av Brooklynklubbens dåvarande ägare. Klubbfärgerna blev blått och orange efter Dodgers och Giants. Som kepslogotyp valdes en något modifierad variant av Giants NY-stickning i orange. För att ytterligare koppla samman den då nystartade klubben med New Yorks rika basebollhistoria spelade man under de första decennierna alltid sina hemmamatcher i matchdräkter med kritstrecksränder, pinstripes, i likhet med Yankees.
Mets har för det mesta fått stå i skuggan av den äldre och mer framgångsrika grannen Yankees, men är trots det populära och är ofta en av klubbarna i publiktoppen. Mets har vunnit två World Series-titlar. Trots att klubben var den sämsta inom MLB i början av 1960-talet, så lyckades man vinna redan 1969. Den andra titeln tog Mets 1986.
2006 vann Mets sin division överlägset, men åkte ur slutspelet efter att ha förlorat finalen i National League (NLCS) mot St. Louis Cardinals med 3–4 i matcher.[16] 2007 såg Mets länge ut att ta sig till slutspel relativt enkelt, men förlorade förstaplatsen i sin division till Philadelphia Phillies i den 162:a och sista matchen efter att veteranen Tom Glavine gjort en av sina sämsta matcher någonsin. Även 2008 missade man slutspelet tack vare en förlust i sista matchen. De därpå följande säsongerna var klubben inte nära slutspel utan satsade på att bygga upp laget på nytt med en kärna av yngre egenutvecklade spelare som Matt Harvey och Lucas Duda ledda av veteranen och lagkaptenenDavid Wright. Det gav frukt 2015, då man vann divisionen för första gången sedan 2006[17] och National League för första gången sedan 2000.[18]
I november 2020 köpte den amerikanska affärsmannen Steve Cohen 95 % av klubben för rekordsumman 2,4 miljarder dollar.[12][13]
