När Sveriges kommunistiska parti1929 ånyo delades bildade Flyg tillsammans med Kilbom ett nytt kommunistparti fritt från Komintern. Detta nya parti bytte efter några år namn till Socialistiska partiet (SP). Under andra världskriget tog Socialistiska partiet under Flygs ledning emot ekonomiskt stöd från Nazityskland och utvecklade en ideologi som också var inspirerad av den nazistiska. Följden blev att SP snabbt förlorade merparten av sina anhängare. En inre krets runt Flyg stannade dock kvar och fortsatte att driva partiet även efter dennes död. Några år efter krigsslutet upplöstes Socialistiska partiet.[källa behövs]
Flyg var förtegen om sin utveckling, påbörjad redan under 1930-talets sena år, från att vara kritiker av den sovjetiska kommunismen till att sympatisera med den tyska nationalsocialismen. Rimligen var han, i likhet med exempelvis trotskisterna, rädd för eventuella personliga konsekvenser av den sovjetiska säkerhetstjänstens internationella verksamhet[källa behövs].
Folkets Dagblad Politiken var partiets organ med Flyg som chefredaktör från 1937 fram till sin död. Ekonomiska problem tvang partiet att under en tid göra ett uppehåll. Hemliga penningtillskott från Tyskland gjorde att man under år 1942 kunde återuppta utgivningen.[2]
Flyg var chef för bokförlaget Frams redaktion 1924–1928, och skrev själv bland annat Vårt studiearbete (1919, 2:a upplagan 1921) och Lenin (1925). Från 1929 var han utrikespolitisk redaktör vid Folkets Dagblad.[3]
Nils Flyg avled den 9 januari 1943 i vad som förmodas ha varit självmord.[4]
Eftermäle
i romanen Han som sjönggav Ingeborg Björklund 1935 sin bild av Flyg som människa och politiker.
Blomqvist, Håkan (2002). Nils Flygs knöliga kudde. I: Blomqvist, Håkan. Socialismens sista sommar: Essäer om 1900-talets förhoppningar och sorger. Stockholm: Carlsson, s. 188–202.
Carlsson, Holger Nazismen i Sverige. Federativs/Trots allt!. Stockholm 1942.[förtydliga]
Nilsson, Torbjörn (1985). Från internationell socialism till nationell folkgemenskap: Socialistiska partiet 1938-45. I: Historisk tidskrift. Stockholm: Svenska historiska föreningen, s. 26–51.
Steinfeldt, Johan:Renegater : Nils Flyg och Sven Olov Lindholm i gränslandet mellan kommunism och nazism. Lund:Nordic Academic Press, 2019.