Babası Ziraat Bankası veznedarı Hüseyin Hüsnü Bey, annesi Kilis Kemaliye İlkokulu öğretmeni Lütfiye Hanım'dır. Abisi Mehmet Ali Kışlalı, kuzenleri ise Hıncal Uluç ve Öcal Uluç'tur. 1951 yılında Kilis Kemaliye İlkokulu'nu bitirdikten sonra, Kilis Ortaokulu'nu ve 1957 yılında Kabataş Erkek Lisesi'ni bitirdi. Kabataş Erkek Lisesi'nden sonra Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'ni kazandı. Okurken bir yandan da Yeni Gün'de spor muhabirliği yaptı. 1962-1963 yılları arasında Yenigün gazetesinde yazı işleri müdürlüğü de yaptı. Paris Üniversitesi'nde anayasa hukuku ve siyaset bilimi dalında Modern Türkiye'de Siyasi Güçler başlıklı doktorasını yaptı. 1968 yılında Fransa'da tanıştığı Bordeaux'lu (Bordo) Nicole (Nilgün Kışlalı) ile evlendi. Bu evlilikten iki kızı (Altınay ve Dolunay) oldu. Hacettepe Üniversitesi'nde siyaset sosyolojisi alanında öğretim üyeliğine başladı. Askerlik dönüşü üniversiteye kabul edilmedi. Siyasal Bilgiler Fakültesi'ne geçti. 1972 yılında doçent oldu.
Siyasi olarak demokratik sosyalizm ve sosyal demokrasi görüşlerini benimsemiş bir Kemalistti.[1][2][3] 1971-1977 yılları arasında Yankı dergisi'nde yazdığı yazılarla CHP Genel Başkanı Bülent Ecevit'in dikkatini çekti ve 1977 yılında CHP listesinden İzmir milletvekili seçildi. 1978 yılında Bülent Ecevit hükûmetinde Kültür Bakanı olarak görev yaptı. Kültür Bakanlığı'nca Ulusal Kültür Dergisini yayımlattı. 12 Eylül 1980 darbesi sonrasında Ankara Üniversitesi İletişim Fakültesi'nde siyaset bilimi dersleri vermeye başladı. 1988 yılında profesör oldu. 1991 sonunda Cumhuriyet gazetesinde Haftaya Bakış başlığıyla köşe yazıları yazmaya başladı. 1995 yılında Antalya yolunda birlikte geçirdikleri trafik kazasında eşini kaybetti. 1997 yılında ikinci evliliğini Nilüfer Kışlalı'yla yaptı. Bu evlilikten üçüncü kızı (Nilhan Nur) dünyaya gelmiştir.
21 Ekim 1999 tarihinde saat 09.40'ta Ankara'da evinin önünde uğradığı bombalı saldırıda öldürüldü. Akit gazetesi suikasttan önce hakkında bir haber yapmış ve Kışlalı'nın üzerine çarpı atılmış fotoğrafını manşetten vermişti. Faili bulunamadı.[4]
Öldürülmeden önce Cumhuriyet Gazetesi'ndeki makalesi nedeniyle Akit Gazetesi tarafından "Zorba Kemalist gemi azıya aldı, Halkı köpeğe benzetti" başlığıyla hedef gösterildi ve "28 Şubatçı" olarak suçlandı. Fotoğrafının üzerinde çarpı işareti konarak kapak yapıldı.[5]
Ahmet Taner Kışlalı, 21 Ekim 1999 günü saat 09.40'ta Cumhuriyet gazetesine yazdığı son yazısını faksladıktan yaklaşık 19 dakika sonra evinden çıktı. 06 GK 377 plakalı aracına yönelen Kışlalı, arabasının üstüne silecek ile kaput arasına konulmuş poşete sarılı paketi alıp sol eliyle kapıyı açtığı sırada büyük bir patlama meydana geldi. Sol kolu kopan Kışlalı, site bekçisi Arif Emirhan Kılıç tarafından Bayındır Hastanesi'ne götürüldü. Saat 10.02'de kalp koroner atışı durmuş, nabzı hızlanmış ve bilinci kapanmış bir şekilde Tıp Fakültesi Hastanesi'ne getirildi. Operatör Dr. Hasan Karakış tarafından yapılan muayene sonrası öldüğü tespit edildi. Ölüm raporu yine Hasan Karakış tarafından hazırlandı ve Dr. Ersin Kaya tarafından basın açıklamasıyla bildirildi. Mezarı Ankara'da Karşıyaka Mezarlığı'ndadır.
1968: Forces politiques dans la Turquie moderne (Modern Türkiye'de Siyasi Güçler) (AÜ SBF Yayınları)
1974: Öğrenci Ayaklanmaları (Bilgi Yayınevi)
1987: Siyaset Bilimi (İmge Kitabevi yayınları (1990, 1994, 1996, 1997, 1999, 2000, 2003)
1991: Siyasal Sistemler – Siyasal Çatışma ve Uzlaşma (İmge Kitabevi Yayınları, (1993, 1995, 1998, 2000, 2003)
1993: Atatürk'e Saldırmanın Dayanılmaz Hafifliği (İmge Kitabevi Yayınları) - Mustafa Kemal Atatürk'e yapılan eleştirilere karşı yazdığı yazılarını derlemiştir.
1994: Kemalizm, Laiklik ve Demokrasi (İmge Kitabevi Yayınları) (Atatürkçülük, Türkiye'de laiklik ve demokrasi konuları üzerine yazmış olduğu köşe yazılarını derlediği kitap)
1995: Seçimsiz Demokrasi (Çağdaş Yayınları)
1997: Bir Türkün Ölümü (Ümit Yayıncılık)
1999: Ben Demokrat Değilim (İmge Kitabevi Yayınları)
Hakkında hazırlanan belgeseller
2009: Duvar (Belgesel) - Ahmet Taner Kışlalı Bölümü
