Mehmed Enis Akaygen (13 Mayıs 1880, Filibe - 15 Ocak 1956, İstanbul), Türk diplomat ve siyasetçi.
1866-1870 yılları arası Filibe belediye başkanlığı yapan Enis Efendi'nin torunudur. Babası Cafer Bey, 1889 yılında vefat edince, dedesi tarafından büyütüldü. Filibe'de Saint-Joseph Ortaokulu'ndan mezun olduktan sonra 1897 yılında İstanbul'a göç etti. Galatasaray Lisesi'ni bitirdi. 1901 yılında Hâriciye'ye girdi. Sanki-Petersburg ve Bükreş'te görev yaptı. İstiklal Harbi yıllarında Müdâfaa-î Millîye grubunda görev yaptı. Savaştaki hizmetleri neticesinde İstiklal Madalyası ile taltif edildi.
Mustafa Kemal Atatürk tarafından cumhuriyet hariciyesinin kuruluş komisyonunda Tevfik Rüştü Aras ve Suat Davaz ile birlikte görevlendirildi. Cumhuriyet'in ilanı ile birlikte Moskova'ya tayin olmuş (1923-1925), dışişleri bakanlığı müsteşar yardımcılığı (1925-1927), dışişleri bakanlığı müsteşarı (1927-1929), Atina elçisi (1929-1934), Tahran büyükelçisi (1934-1939) ve tekrar Atina büyükelçiliği (1939-1945) görevlerinde bulundu. 1937 yılındaki Trakya Manevraları'nda yabancı heyetlere eşlik etti. Yunanistan devleti tarafından kendisine 1945 yılında Yunan Devlet Liyakat Nişanı verildi. 1946 yılında İstanbul milletvekili olarak TBMM'ye girdi. 1948 yılında Demokrat Parti'den ayrılıp arkadaşları ile Millet Partisi'ni kurdu.
Mehmed Enis Akaygen, Fransızca, İngilizce, Farsça ve Arapça bilmekte, evli ve beş çocuk babasıydı.