Japonya'nın İstanbul Başkonsolosluğu (Japonca: 在イスタンブール日本国総領事館, romanize: Zai Isutanbūru Nipponkoku Sōryōjikan), Türkiye'nin İstanbul kentinde bulunan ve Japonya'ya ait olan bir başkonsolosluktur. Başkonsolosluk, 1 Ocak 1965 tarihinde kurulmuş olup Şişli ilçesi Esentepe Mahallesi'nde Tekfen Tower'da yer almaktadır.[1]
Günümüzdeki başkonsolos Nisan 2022 tarihinden itibaren Kenichi Kasahara'dır.[2]