Osmanlı donanması Ağustos 1499'da Venedik donamasını Sapienza Deniz Muharebesi'nde bir yenilgiye uğratmıştı. Bu savaşta Osmanlı filosunun komutanı Kemal Reis, üstün bir başarı göstermiş, bu savaşın ardından Osmanlılar'ın ele geçirdiği 10 Venedik kadırgası ile ödüllendirilmişti. Aralık 1499'da Venedikliler Sapienza Deniz Muharebesi sonucunda kaybettikleri arazileri tekrar geri almak için İnebahtı kalesine hücum etmişler ve bu kaleyi tekrar ele geçirmişlerdi. Kefalonya adasında filosu ile bulunan Kemal Reis hemen gemileriyle harekete geçti. Karadan ulaşan Osmanlı kara güçleri ile birlikte İnebahtı kalesi denizden ve karadan kuşatıldı ve kale Osmanlı kuvvetleri tarafından Venediklilerden tekrar geri alındı. Kemal Reis kış aylarını ta Nisan-Mayıs 1500'e kadar İnebahtı kalesinde geçirdi. Burada Osmanlı ülkelerinden getirilen 15,000 kadar vasıflı gemi yapım ustaı ve işçileri, Kemal Reis'in idaresine verilen Osmanlı donanma gemilerini tamir edip yenilediler.
Bir dizi çatışma hâlinde deniz savaşı
Nisan ve mayıs aylarında Kemal Reis filosu ile İnebahtı'dan ayrılıp yeni bir deniz seferine çıktı. Önce Korfu adasına yönelip bu adada bulunan Venedik idaresi altındaki limanları topa tuttu. Ağustos 1500'de üzerine sevkedilen bir Venedik filosu ile yakın çatışmaya tutuşup Venedik gemilerini kaçırttı. Sonra, önce denizden Modon kalesini topa tuttu, ardından karaya asker çıkartıp kaleyi ele geçirdi. Oradan Koron kıyılarına açıldı ve bu kıyılar açıklarında yeni bir Venedik filosu ile savaşa tutuştu. Bu önemli bir sonuç sağlamamakla beraber Kemal Reis ve karadan gelen Osmanlı birlikleri, Venedik deniz yardımından yoksun kalan, Koron kalesini ve limanda bulunan bir Venedik brigantinini hemen ellerine geçirdiler. Oradan Sapienza adası açıklarına yönelen Kemal Reis ve donanması, bu mevkide Lezza adında bir Venedik kadırgasını batırdı. Kemal Reis, 1500 yılının Eylül ayında Voissa'ya hücûm etti. Ekim ayında da Lefkada adasında Santa Maria Burnu'na vardı.
Kemal Reis, bu şekilde 1500 yılının deniz mevsimini kapatarak donanmasıyla kasım ayında İstanbul'a dönüş yaptı.
Bu bir dizi deniz çatışması, Venedik ve İspanyol kaynaklarında "Modon Deniz Savaşı" olarak anılmaktadır.
Sonuç
1500'de ortaya çıkan bu deniz ve kara savaşları sonucunda Kemal Reis komutasındaki Osmanlı donanması ve karadan gelen Osmanlı ordusu, Venedik'in Mora Yarımadası kıyılarında bulunan mühim üsleri ele geçirip Venedikliler'i büyük zarara uğrattı. Özellikle Venedikliler tarafından "Cumhuriyetin iki gözü" adı verilen Modon ve Koron'un kaybı, Venedik'in Akdeniz'de egemenliğine büyük bir darbe vurdu. Venedik, İspanyol yardımı ile İyonya Denizi üzerinde olan Kefalonya ve İthaka adalarına asker çıkarıp bu adaları egemenliği altına aldı ise de, Mora'daki üslerin kaybını bu toprak kayıplarını hiçbir zaman telâfi edememiştir.
14 Aralık 1502'de 1499-1503 Osmanlı-Venedik Savaşı'na son veren ateşkes anlaşması imzalandı. Mayıs 1503'te tasdik edilen anlaşma ile Venedik bir kez daha Osmanlı devletine yılda 10.000 dükâ vergi ödeyen bir devlet sıfatını aldı. Osmanlı donanması ise doğu Akdeniz ve Ege denizinde egemenliğini artırmakla beraber, Venedik elinde bulunan Kıbrıs ve Girit adaları ve korsan Saint Jean Şövalyeleri'nin elinde bulunan Rodos dolayısıyla bu egemenlik, tâ 17'nci yüzyıla kadar tam bir hâkimiyet şeklinde olamamıştır.