1996-1997 sezonunda Silopi Belediyespor adı altında 3. Lig'e yükselen kulüp, tarihinde ilk kez profesyonel liglerde mücadele etmeye başladı. 1998-1999 sezonunda adı Silopi Cudispor olarak değiştirilen kulüp, 2000-2001 sezonunda 3. Lig 1. Grup'ta 2. sırada yer alarak o sene 2. Lig'deki takımların sayısının artırılması sayesinde tarihinde ilk kez 2. Lig'e yükseldi. Ancak 2002-2003 sezonu devre arasında, oynamış olduğu 16 maçın tamamını kaybeden ve bu maçlarda 7 gol atıp kalesinde 72 gol gören kulüp, ligden çekildiğini ilan etti ve lig sonuncusu olarak 3. Lig'e düştü. 3. Lig 8. Grup'ta, Alibeyköyspor'la aynı puanda kalmasına rağmen 2 gol averajı farkıyla 14. sırada yer alarak amatör kümeye düştü. 2003-2004 sezonunda borçlarından ötürü transfer yapamayan kulüp genç oyuncularla yer aldığı 3. Lig 1. Grup'ta 19 maçta 2 hükmen galibiyet ve 1 de beraberlik alıp attığı 15 gole karşılık 90 gol yediği için 21. hafta maçları öncesi ligden çekildi ve ligden çekilen Yozgatspor ve Hakkarispor gibi amatör kümeye düştü.
