Згодом очолив старшинську змову проти Ігнатовича, що сталася у березні 1672 під прямій підтримці московської адміністрації і московських стрільців. На старшинській раді в Козачій Діброві 17 червня1672 року обраний гетьманом. Обновив старшинський корпус, зокрема владу повернули собі репресовані за попереднього уряду прибічники кланів Сомка, Золотаренка та Брюховецького. Того ж року спинив антидержавну змову Рославця, котрого разом з полковниками прилуцьким Горленком та переяславськимРайчею було ув'язнено з конфіскацією майна.
Конотопські статті, згідно з якими московський цар у 1672 році затвердив гетьманом Самойловича, полягали в наступному:
Міста Києва Государ ніколи полякам не поступиться; інші ж статті миру з Королем Польським відкладені до 1674 року.
Гетьман, не радячись зі старшинами і без суду, нікого не карає, як то бувало «від зрадника Демка» (тобто Дем'яна Многогрішного).
Гетьман не може вести ніяких переговорів з державами іноземними, без Царського веління, а й тим більше не має права входити в письмові або усні зносини з Дорошенком. Оскільки той, з'єднавшись з султаном, починає війну з Королем Польським, то новий Гетьман зобов'язується ні в чому не давати Дорошенку допомоги.
Гетьман зобов'язаний поступитися Польщі все місця по Сож, в Воєводстві Мстиславського, в повітах Мозирському і Речицьке, якими володів гетьман Многогрішний.
Гетьман зобов'язується не приймати втікачів Московських людей; а які в гетьманство Многогрішного були прийняті, тих вислати негайно з Малоросії.
У статтях Глухівських в пункті 17-му було сказано, що під час переговорів з Королем, або з Ханом має згадуватись про Запорожців, і повинні бути присутніми Комміссари Малоросійські. Втім на перших же переговорах ця умова не була виконана; а потім вже зажадав Государ в село Мігновичі на переговори з поляками Полковника Київського Костянтина Солонину; але як Посол Королівський, Гнінскій, оголосив, що у нього в наказі від Короля немає ні слова про присутність Комміссаров малоросійських, то Государ оголосив, що їх надалі не стануть викликати; якщо ж буде при переговорах згадуватися про Украйну і військо Запорозьке, про те письмово повідомляти Гетьманів і Кошових.
Полковник Чернігівський Василь Многогрішний відбирав воду у ратних людей Московських і всіляко їх утискував; а Сотник тамтешній Леонтій Полуботок зайняв на Стрижні водяний проїзд, побудував греблю і млин — все це знищити.
Особливий Полковник з тисячею реєстровими козаками, які засновані в силу 22-й Глухівської статті, нині, на прохання народу — скасовуються.[2]
У внутрішній політиці Іван Самойлович започаткував виділення з козацької старшини т. зв. значкового (знатного, значного) військового товариства, яке стало прообразом українського («малоросійського») дворянства. Намагався об'єднати Правобережжя та Лівобережжя.
1674 року, коли війська гетьмана Самойловича перейшли Дніпро, і більшість правобережних полків перейшли на бік лівобережного гетьмана, правобережний гетьман Михайло Ханенко склав гетьманську булаву, Петра Дорошенка формально було усунуто від влади, а гетьманом усієї України («обох сторін Дніпра») було проголошено Івана Самойловича.
У результаті вторгнення військ Османської імперії Самойлович втратив контроль над Правобережжям. Саме ним у 1678 році вперше в Гетьманщині була уведена оренда на горілку.
У 1679 року за наказом Москви провів насильницьке переселення українців з Правобережної України на Лівобережну, відоме як Великий згін.
У роки правління Самойловича остаточно утвердився державно-політичний устрій лівобережного Українського гетьманату, який в основному залишався незмінним до 1764 року. Проявив себе здібним воєначальником у війні об'єднаних сил козацької України та Московії з Османською імперією. Заохочував переселення українського населення з Правобережжя на Лівобережжя. Претендував на поширення гетьманської влади і на Волинь та Західну Україну. Висловлював незадоволення укладеним між Московським царством і Османською імперією Бахчисарайським миром 1681 року, неодноразово виступав проти укладення польсько-московського Вічного миру 1686 року, який узаконював розділ України на дві частини.
Церковна політика
Портрет Івана Самойловича серед росписів інтер'єру Троїцького собору Густинського монастиря.
За гетьманування Івана Самойловича українська православна церква, яка до того була під зверхністю Константинопольського патріарха, була підпорядкована Московському патріархату. Однак збереглися докази, які свідчать, що гетьман на державному рівні вживав заходів, щоб зупинити процес втрати Київською митрополією своєї самостійності. Насамперед підтримав рішення собору українського духовенства 1685 року, яке висловилося проти підпорядкування української церкви РПЦ. Гетьман надіслав листа до московського уряду з проханням залишити за київським митрополитом всі його права, насамперед право називатися намісником Константинопольського патріарха, щоб відвернути розкол в Українській церкві. Також у жовтні 1685 року відправив до Москви представників від українського уряду, які наполягали на тому, щоб усі духовні архієреї Київської митрополії призначалися від свого митрополита[3].
Після невдалого спільного українсько-московського походу на Крим у 1687 звинувачений у «зраді Москві», скинутий з гетьманства, заарештований і відправлений на заслання до залежних московських територій Західного Сибіру, де й помер.
Родина
Батько Самійло — православний священик з Правобережжя.
↑Україна молода. ГЕТЬМАН ОБОХ БЕРЕГІВ ДНІПРА: ЯК ІДЕЯ ЄДИНОЇ СОБОРНОЇ УКРАЇНСЬКОЇ ДЕРЖАВИ ЗАВЕЛА ІВАНА САМОЙЛОВИЧА ДО СИБІРУ. ВИПУСК № 042 ЗА 12.04.2019 [1] [Архівовано 1 травня 2022 у Wayback Machine.]
Алмазов А. С. Политический портрет украинского гетмана Ивана Самойловича в контексте русско-украинских отношений (1672—1687 гг.) — М., 2012. (рос.)
Богатырев А. В. Неизданный документ о заговоре против гетмана И. С. Самойловича // Проблеми історії та археології України: Матеріали Х Міжнародної наукової конференції, присвяченої 125-річчю професора К. Е. Гриневича (Харків, 4–5 листопада 2016 р.). — Х. : «НТМТ», 2016. — С. 44—45.
Т. Чухліб. Самойлович Іван Самійлович // Політична енциклопедія. Редкол.: Ю. Левенець (голова), Ю. Шаповал (заст. голови) та ін. — К.: Парламентське видавництво, 2011. — С. 652. ISBN 978-966-611-818-2