Хокейну кар'єру розпочав 1999 року виступами за молодіжну команду клубу «Словнафт», а згодом дебютував і в основній команді.
2002 року був обраний на драфті НХЛ під 58-м загальним номером командою «Детройт Ред-Вінгс». Їржі в цей період продовжив захищати кольори чеських команд «Гавіржов», «Всетін», «Білі Тигржи» та «Оломоуць». Кінець сезону 2002–03 Гудлер провів у російському клубі «Ак Барс».
У сезоні 2003–04 чех дебютував у складі «Детройт Ред-Вінгс» але більшість часу провів у фарм-клубі «Гранд-Репідс Гріффінс». Під час локауту в сезоні 2004–05 захищав кольори чеської команди «Всетін», кінцівку провівши у «Гранд-Репідс Гріффінс», як і наступний сезон.
Сезон 2006–07 став першим в якому гравець відіграв за «червоні крила» 76 матчів. Влітку 2007 передсезонні тренування він провів разом з колегами по НХЛ Крісом Челіосом, Метью Шнайдером та Робом Блейком у Південній Каліфорнії, де він здобув більший досвід.[1] У другому сезоні Їржі покращив свої показники набравши 42 очка та додавши в плей-оф ще 14 очок та здобули Кубок Стенлі. У сезоні 2008–09 «Ред-Вінгс» у фіналі поступився «Піттсбург Пінгвінс».
Через арбітраж у сезоні 2009–10 Гудлер, як обмежено вільний агент,[2] незабаром уклав контракт з клубом КХЛ «Динамо» (Москва). Цю угоду згодом розглядав ІІХФ та 9 вересня 2009 ухвалив цю угоду.[3] Крім того, ІІХФ встановив, що американці не подали апеляцію у встановленні терміни.[4]
У квітні 2010 Гудлер повернувся до «Детройт Ред-Вінгс», де провів два сезони.
Сезон 2012–13 Їржі провів у двох чеських командах «Лев» (Прага) та «Оцеларжи».
2 липня 2012 чех уклав чотирирічну угоду з «Калгарі Флеймс». За підсумками сезону 2014–15 Їржі отримав Трофей леді Бінг.