Сезон 1938/39 (чеськ.Národní liga 1938/39) розпочався як п’ятнадцятий професіональний розіграш чемпіонату Чехословаччини з футболу. Після захоплення країни німецькими військами турнір продовжився як першість чехо-моравської ліги. Як і в Німеччині та на всіх окупованих нею країнах, спортивні клуби стали аматорськими. Переможцем змагань став клуб «Спарта» (Прага). Футбольний клуб «Братислава» знявся на початку весняної частини змагань після проголошення незалежності Словаччини.