U-64 був переданий у 1-шу флотилію підводних човнів Крігсмаріне у Кілі, а з 1 квітня 1940 року переведений до 2-ї флотилії підводних човнів Крігсмаріне у Вільгельмсгафен. На ходовій рубці була нанесена емблема ПЧ — лось чи корова, з рота і прямої кишки якої вистрибують торпеди. Єдиним командиром човна був капітан-лейтенантГеорг-Вільгельм Шульц.
6 квітня 1940 року о 13.15 ПЧ вийшов у перше плавання і 12 квітня о 23.00 прибув до Нарвіку, супроводжуючи допоміжний крейсер«Оріон». При підході у Вестфіорді невдало спробував торпедувати британськийміноносець, через що довелось ухилятись від глибинних бомб. Для його ремонту човен відвели до Герьянс-фіорду[1] біля Б'єрквіку[2], де в час другої фази битви за Нарвік 13 квітня ще не відремонтований ПЧ був атакований Fairey Swordfish з лінійного корабля«Ворспайт». Корпус був пошкоджений кулеметним вогнем і двома 350-фунтовими бомбами, що вибухнули поряд корпусу. Загинуло 8 моряків. ПЧ о 13.45 опустився на дно фіорду на глибині 35 м. 12 морякам вдалось покинути ПЧ відразу, а 27 покинули вже затоплений човен. Їм допомогли гірські стрільці, що були на березі. Екіпаж повернувся до Німеччини, де ними укомплектували U-124. Рештки U-64 підняли у серпні 1957 та утилізували.
Paul Kemp: Die deutschen und österreichischen U-Boot Verluste in beiden Weltkriegen. Urbes Verlag Hans Jürgen Hansen, Gräfelfing vor München 1998, ISBN 3-924896-43-7(нім.)
Clay Blair: Der U-Boot-Krieg, Band 2: Die Gejagten 1942—1945 Wilhelm Heyne Verlag München 1996, ISBN 3-453-16059-2(нім.)
Georg Högel: Embleme, Wappen, Malings deutscher U-Boote 1939—1945. Koehlers Verlagsgesellschaft, Herford 2001, ISBN 3-7822-0826-9(нім.)