В лютому 1658 року принц був проголошений спадкоємцем трону. Через п'ять років його старший брат Імператор Ґо-Сай передав йому престол[6].
Протягом перших років правління Імператор Рейґен був номінальним головою держави. Реальна влада в країні належала його батькові, відставному Імператору Мідзуноо. Після смерті останнього в 1680 році, Імператор Рейґен взявся за реформування Імператорського двору, спрямоване на відродження авторитету японського монарха. Він займався реставрацією стародавніх палацових звичаїв і ритуалів, а також підтримував дружні стосунки із сьоґунатом Токуґава[6]. Зокрема, 1683 року Імператор відродив стародавній титул спадкоємців трону — Великий син Імператора, який надав своєму синові Асахіто, майбутньому Імператору Хіґасіяма[7].
1687 року Імператор Рейґен передав престол сину Асахіто, а сам прийняв титул відставного монарха — Верховного Імператора. Того ж року, за його сприяння, новий Імператор Хіґасіяма здійснив забутий обряд дайдзьоеї, який не проводився останні 300 років[7].
1713 року Імператор Рейґен прийняв чернечий постриг і буддистське ім'я Содзьо[8]. Решту життя він продовжував керувати справами двору як «сірий кардинал». Відставний монарх займався вивченням японської літератури та поезії, і вважався провідним поетом і каліграфом того часу[6].
