ФаунаПівнічної Македонії має складну зоогеографічну структуру. Вона містить фауністичні елементи різного походження і характеризується високим ступенем реліктових і ендемічних форм. Таксономічне розмаїття теж присутнє; загальна кількість зареєстрованих видів тварин становить 10 354.
Три природні озера країни, Охрид, Преспа і Дойран, являють собою окремі фауністичні зони, що свідчить про їхню тривалу територіальну ізоляцію. Фауна Охридського озера є реліктом більш ранньої епохи[3][4][5]. Це озеро широко відоме своєю фореллю-летницею, озерним сигом, піскарем, пліткою, підустом, і піором, а також деякими видами равликів, рід яких старше 30 мільйонів років; схожі види можна знайти тільки на озері Байкал[5]. Охридське озеро також звертає на себе увагу завдяки зоологічним досліджень річкового вугра[5][6][7] і його загадкового репродуктивного циклу: він доходить до Охридського озера з далекого Саргасового моря, за тисячу кілометрів, і ховається в глибинах озера на 10 років[8]. Коли вугор досягає віку статевого дозрівання, він, спонукуваний нез'ясовним інстинктами, восени вирушив назад до місця свого народження. Там він нереститься і вмирає, залишаючи своїх нащадків шукати Охридське озеро, щоб почати цикл заново[9].
Безхребетні
Для фауни Македонії показано наявність більше як 13400 видів безхребетних, більшість з яких членистоногі, зокрема більше 10 тисяч — комахи.[10]
↑The second Balkan lynx picture in Albania(PDF). Процитовано 10 травня 2014. The species is classified in the Albanian Red List (Decree no. 146 / 2007, Ministry of Environment, Forestry and Water Administration) with the status CR (critically endangered).
↑S. Stankovic, «The Balkan Lake Ohrid and its living world», Monographiae Biologicae, Vol.
↑H. Salemaa, «Lake Ohrid», in Speciation in Ancient Lakes, eds.
↑ абвHauffe, T.; Albrecht, C.; Schreiber, K.; Birkhofer, K.; Trajanovski, S.; Wilke, T. (2011). Spatially explicit analysis of gastropod biodiversity in ancient Lake Ohrid. Biogeosciences. 8: 175—188. doi:10.5194/bg-8-175-2011.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
↑M.R. Frogley, R.C. Preece, «A faunistic review of the modern and fossil molluscan fauna from Lake Pamvotis, Ioannina, an ancient lake in NW Greece; implications for endemism in the Balkans», in Balkan Biodiversity: Pattern and Process in the European Hotspot, eds.