Ngụy Khắc Đản sinh trưởng tại xã Xuân Viên, tổng Xuân Viên, huyện Nghi Xuân, phủ Đức Thọ, tỉnh Nghệ An (nay là xã Xuân Viên, huyện Nghi Xuân, tỉnh Hà Tĩnh).
Năm Tự Đức thứ 9 (1856), Ngụy Khắc Đản thi đỗ đầu thi Đình đệ nhất giáp tiến sĩ cập đệ đệ tam danh (tức Đình nguyênThám hoa). Sau đó, ông nhập ngạch Hàm lâm, rồi thăng dần lên Án sát Quảng Nam.
Để chuộc lại ba tỉnh miền Đông Nam Kỳ (Biên Hòa, Gia Định, Định Tường) vừa bị mất sau hòa ước trên, năm 1863, Ngụy Khắc Đản được cử làm bồi sứ trong phái đoàn của Phan Thanh Giản đi sang Pháp thương thuyết để chuộc lại lãnh thổ đã mất. Cuộc hội kiến triều đình Napoleon III khá thành công, tháng 12/1863, Pháp cử Gabriel Aubaret làm lãnh sự ở Vọng Các (Bangkok, Thái Lan) và đến Huế để thương thảo hòa ước mới để thay cho Hòa ước Nhâm Tuất mà lịch sử thường gọi là Dự thảo Hòa ước Aubaret. Thông qua dự thảo mới này thì triều đình Huế được chuộc lại 3 tỉnh miền Đông Nam Kỳ, nhưng đến phút cuối thì chính phủ Pháp đã gửi phản lệnh, huỷ bỏ dự thảo hòa ước này.[1]
Đi sứ về, năm 1864, Ngụy Khắc Đản được thăng làm Bố chính sứ Nghệ An, rồi lần lượt trải các chức: Khâm sai Kinh lý Trấn Ninh, sung Tuyên phủ sứ, thự Hữu tham tri bộ Hộ, Thượng thư bộ Binh, Thượng thư bộ Công, sung tham biện viện Cơ mật.
Sau vì bệnh, Ngụy Khắc Đản xin cáo về rồi mất tại quê nhà năm 1873, lúc 56 tuổi. Nghĩ đến công lao, vua Tự Đức chuẩn cho ông thực thụ hàm Tham tri và sai quan đến tế.
^Trương Bá Cần, Hoạt động ngoại giao của nước Pháp nhằm củng cố cơ sở tại Nam kỳ (1862 - 1874), Vũ Lưu Xuân dịch, TuvanBooks và NXB Thế giới, 2011, tr.155).