Kluivert trưởng thành từ lò đào tạo tài năng trẻ của câu lạc bộ Ajax Amsterdam, anh gia nhập câu lạc bộ khi còn là học sinh. Năm anh 19 tuổi, anh đã trở thành trụ cột của CLB Ajax Amsterdam và Đội tuyển Hà Lan. Trong trận chung kết Cúp C1 châu Âu, giữa Ajax và AC Milan. Ajax giành chiến thắng 1-0 nhờ bàn thắng duy nhất của Kluivert. Năm 2004, anh có tên trong bảng xếp hạng của FIFA 100, đây là bảng danh sách gồm 125 cầu thủ vĩ đại nhất còn sống, được chọn bởi Pelé, là một phần của lễ kỉ niệm một trăm năm của FIFA.