Vào thời Nhà Thanh, để quản lý các phiên địa Mông Cổ và Tây Tạng, triều đình đã cho thiết lập Lý Phiên viện ngang với Lục bộ. Đến thời kỳ Trung Hoa Dân Quốc, Bộ Nội chính vào tháng 4 năm 1912 đã thành lập "Mông Tạng công tác xứ", đến tháng 7 cùng năm thì đổi thành "Mông Tạng sự vụ cục" trực thuộc Quốc vụ viện. Đến năm 1914, cục được nâng lên thành "Mông Tạng viện" trực thuộc Phủ Tổng thống (lúc bấy giờ là chính phủ Bắc Dương). Sau khi chính phủ Quốc Dân tiến hành Bắc phạt thành công, đến năm 1929, căn cứ theo luật tổ chức đã thành lập "Ủy ban Mông Tạng".
Sau năm 1949, khi không còn quản lý những vùng thuộc thẩm quyền trên thực tế, công việc của ủy ban cũng thay đổi. Ủy ban chủ yếu phụ trách người Mông Cổ và Tạng sinh sống và làm việc tại Đài Loan, tiếp xúc với chính phủ nước Mông Cổ độc lập và chính phủ Tây Tạng lưu vong trên các vẫn đề chính trị-kinh tế. Ủy ban cũng có một Trung tâm văn hóa Mông Tạng.
Do điều chỉnh tổ chức và công năng nghiệp vụ của Hành chính viện, ủy ban Mông Tạng đã chấm dứt tồn tại từ năm 2012 và hạ cấp thành Mông Tạng Sự vụ xử, trực thuộc Ủy ban Đại lục của Hành chính viện.