金陵神學院前身是美國基督教會在華開辦的金陵圣经学院(Nanking Bible Training School)。
金陵圣经学校是一个超宗派的在华神学机构,于1911年由卫理公会的“圣道馆”(The Fowler School of Theology)、基督教长老会华中联合神学院的“圣道书院”和美国基督会(Disciples’ Mission)的“使徒圣经学院”合并而成, 并于同年9月13日正式开学。当时的学生有44人,教职员44人。开校的第二年,校董会决定把原来的“金陵圣经学校”改名为“金陵神学”(The Nanking School of Theology),并于同年冬天开办“金陵女子圣经学校”(即金陵女子神學院)。五年之后的1917年,“金陵神学”再改名为“金陵神学院”(Nanking Theological Seminary)。美国驻华大使司徒雷登曾在该校任教。