1962年9月1日，新加坡 举行了关于加入马来西亚联邦条款的公投 。该公投由新加坡自治邦 时任总理，人民行动党（PAP）籍的李光耀 提出。而当时的反对党，尤其是社会主义阵线 （BS），对全民公决的框架有所異議。该党认为公投并没有设置完全拒绝合并的选项供选民选择。尽管如此，全民投票还是向选民提供了三种选择，即A部分自治，B完全合并，C参照东马待遇。最终71％的选民选择了具有最高自治权的选项A。[ 1]
英国在二战后势力大为衰落，同时全世界去殖民化浪潮兴起，因此计划逐步撤出苏伊士运河以东的殖民地，但是在1950年代冷战思维的影响下，英国政府着重考虑的是这个去殖民化 (decolonization) 的进程，需要保证从东南亚华丽撤退，保持自己对旧殖民地地区的政治影响力，故不能让这些殖民地落入共产主义的影响之下。因此，英国就有把几个东南亚的殖民地撮合起来的所谓“大计划”(Grand Design) 的设想。
鉴于面对新一轮的制宪谈判和新加坡政局出现不稳定的状态，1961年4月18日英国的殖民地政策委员会 (Colonial Policy Committee) 召开会议，会上决定将马来亚、新加坡与北婆罗洲三邦（砂捞越、文莱、沙巴）联合组建成“大马来西亚”。[ 2]
新加坡政府推行的与马来亚 合并计划遇到的第一个内部挑战，来自执政的人民行动党 （PAP），与各反对党之间的政治斗争，包括社会主义阵线 ，自由社会党 ，工人党 ，人民联合党 和人民党 。
在新加坡，人民行动党在1959年大选 中，赢得了51个席位中的43个的大胜，从而依靠胜选获得的执政优势与政治威望为基础，寻求参与马来西亚联邦的组建。但是，人民行动党内部对于是否该加入组建联邦产生了巨大的意见分歧，甚至导致左右两派公然决裂。1961年7月，在就对政府的信任投票进行辩论之后，十三位人民行动党议员[ 3] 社会主义阵线 ，简称“社阵”。也因此，人民行动党在立法议会中的多数席位减少到51个席位中的26个。
执政的人民行动党认为，根据林德宪法 授权 。持有具有反对殖民主义 与帝国主义 立场的社会主义阵线 指称人民不支持合并[ 4] 李光耀 宣称人民支持合并。[ 5]
公民投票没有设置反对合并的选项，因为在此之前没有人在立法议会中“合法”提出过这个问题。由于缺乏投票反对合并的选择权，全民投票的合法性经常受到新加坡左翼分子的挑战。但李光耀和吴庆瑞表示，新加坡立法议会已经以33：0合法通过新马合并，因此根据新加坡宪法，并不存在是否需要通过公投来决定“是否要跟马来亚合并”。合并是民选国会决定的，政府决定合并公投，只是给人民一个选择，希望通过什么方式来加入马来西亚，而不是决定要不要加入马来西亚。[ 6]
由19名议员组成的联合行动委员会（CJA）[ 7] 给予殖民地国家和人民独立的宣言 的精神和决议。
选项和标志
方案细则
选项 A
新加坡将在教育和劳工问题上保留自治权 。
新加坡还将保留其语言政策，以英语 、马来语 、华语 和淡米尔语 为官方语言。
在合并后的第一届议会中，新加坡将在马来西亚下议院 中被分配十五个席位。
所有新加坡公民将自动成为马来西亚公民。[ 1]
选项 B
新加坡将以与前海峡殖民地 的槟城 （和马六甲 ）同样有利的条款加入联邦。这将使新加坡与1948年《马来亚联邦协议》所规定的其他马来亚州属处于平等地位[ 8]
英文和马来语将成为官方语言。[ 1]
只有在新加坡出生人士及其后代才会自动成为马来西亚公民。
新加坡也将在联邦议会中有一定比例的代表。
选项 C
北婆罗 砂捞越
新加坡将以与婆罗洲地区（即砂捞越 与沙巴 ）同样有利的条款加入联邦。[ 1]
只有在新加坡出生人士及其后代才会自动成为马来西亚公民。
社阵强烈反对公投，号召支持者抵制公投或提交空白票，以抗议这场“受操纵的”全民投票。最终结果空白票达到144,000张以上，超过了全部票数的四分之一。[ 1] [ 1] [ 9]
双方的媒体战异常激烈，为拉拢不同族裔选民，双方各自使用多种语言播放广播节目。
选项
得票数
%
选项 A
397,626
95.82
选项 B
9,422
2.27
选项 C
7,911
1.91
有效票总数 414,959 100
有效票数
414,959
73.89
空白票数
143,077
25.48
无效/不清晰的票数
2,523
0.45
总投票数 561,559 100
注册选民/投票率
619,867
90.59
来源: Direct Democracy （页面存档备份 ，存于互联网档案馆 ）,State of Singapore, Government Gazette Extraordinary, No. 60, IV Dated 3 September 1962
在各自政府官方授权下，大不列颠及北爱尔兰联合王国 ，马来亚联合邦 ，北婆罗洲 ，砂拉越 和新加坡之间的马来西亚协定 于1963年7月9日正式签署。
新加坡在1963年9月16日 与马来亚正式合并，标志着马来西亚的诞生。直到1965年8月9日，新加坡被驱逐出马来西亚联邦，成为一个独立国家[ 10]
