十七世纪初弗莱堡大学逐显没落,为此,利奥波德大公在1620年11月16日召集了一批耶稣会神甫到弗莱堡,当然在所有人中,迄今为止最优秀的克里斯多夫·沙伊纳也被召募至该大学教授数学。但在1621年春,沙伊纳突然被莫名地召到尼斯:事实上是弗罗茨瓦夫主教-奥地利查理大公(德语名:卡尔)想让他来做忏悔神父。不久后,查理大公在沙伊纳的陪伴下从布里克森(Brixen)旅行至维也纳,由于三十年战争,1621年-1622年他俩只得暂留在维也纳,没能返回尼斯。1623年2月,西班牙国王菲利普四世选派查理大公出任葡萄牙总督,沙伊纳则被任命为尼斯一所新修道院院长。查理大公去了马德里,而沙伊纳不得不到罗马为修建新修道院募集资金。沙伊纳在罗马逗留时间本应不长,但实际却一呆九年。他在《奥尔西尼的玫瑰或太阳》一书中曾写道:他被派到罗马接受教宗的召见...(ad summum pontificem, ob certa peragenda negotia);而其它一些书中则认为沙伊纳作为一位天文专家因伽利略的原因,而被召至罗马;或他感到转会尼斯可能是对他的一种惩罚。直到13年后,他才取道维也纳回到尼斯,其间又在维也纳又停留了一段时间。.
罗马:1624年-1633年
沙伊纳观察太阳黑子的仪器(印制于1626年-1630年)
1624年沙伊纳抵达罗马后,看到了伽利略于1623年发表的《试金者》(Il saggiatore)一书,书中指责沙伊纳抄袭了他的发现(太阳黑子的研究)。沙伊纳的朋友们要求他写一本有关太阳观察的书,他自己也想反驳对他的剽窃指控。1626年-1630年他撰写了阐明多年勤奋观察的结果-《奥尔西尼的玫瑰,或太阳》一书,全名应为《奥尔西尼的玫瑰,或太阳的变化及所观察到的光斑和黑斑的形状》(Rosa Ursina, sive sol ex admirando facularum & macularum suarum phoenomeno varius)。该书共分四册,其中第一册讨论了有关谁先发现太阳黑子的问题;第二册不仅介绍了望远镜、各种投影及太阳目视镜 ,也将望远镜的物理光学与眼睛的生理光学作了比较;第三册则罗列出他观察太阳黑子所收集的各种数据;第四册由二部分组成,第一部分再次讨论了太阳黑斑、光斑等现象,计算出太阳自转周期有27天,自转倾角为7度;在第二部分中,沙伊纳引用了众多来自《圣经》及教会神父和哲学家著作中的段落和言论,以证明他的地心说观点符合天主教教义。
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