日本旗幟列表是有關日本現在或是過去曾經使用過的旗幟列表。
民用旗
政府旗
軍用旗
民船旗
政府船旗
軍艦旗
日本國旗即“日章旗”,又稱“日之丸”。
與日本皇室相關的旗幟,目前皇室旗帜仅用于皇室成员专用车辆与船舶[3]。
日本軍(大日本帝國海軍與大日本帝國陸軍)、日本自衛隊[5] 與日本海上保安廳相關旗幟。
曾經在日本出現的歷史政權或政府旗幟。
代表少數族群的相關旗幟。
都道府縣相關旗幟[8]: