1886年,港英政府再次向清廷提出興建燈塔的三個方案,包括清廷租借蚊尾洲予港英政府;港英政府負責興建,然後交予清廷管理及維修;或是由香港支付建築費用,由清廷興建。不過,最後清廷提出第四個方案,由當時仍屬清廷的九龍海關支付7,500元及每年750元,聘請港英政府興建和維修燈塔,而蚊尾洲維持清廷管轄領土、只能作為興建燈塔之用。在協議達成後,燈塔最後在1889年由香港建築商興建,造價約90,000元,[2]现灯塔基石上铭刻英文“香港辅政司弗朗西斯·弗莱明(C.M.G)阁下1890年9月1日布放此石”(This Stone Was Laid by His Excellency Francis Fleming C.M.G.
Officer Administering the Government Hong Kong on 1 Sept 1890)。而蚊尾洲燈塔亦於1890年啟用。[3]
在1930年的香港博物學者雜誌《Hong Kong Naturalist》曾刊登一篇文章,記錄在1893年10月,在一次巨型颱風後,蚊尾洲上的燈塔損毀,連起重機都被颱風捲走,當時的工務局長谷柏(F.A. Cooper)與船政司林士(Murray Rumsey)前往蚊尾洲視察。在登岸時,兩人沒遇到什麼困難,但在離開時,兩人需要從島上跳到船上「登船」,林士蹤身一躍,卻誤跌進海裏。幸而林士身上有繫安全帶,跌進水時也沒有撞到石頭,最後平安無事被救上船。[2]