Yurisdiksi yang kelak menjadi Keuskupan Banjarmasin ini pada mulanya merupakan bagian dari Vikariat Apostolik Borneo Olandese yang kemudian dipisahkan menjadi Prefektur Apostolik Banjarmasin pada 21 Mei 1938. Pembinaannya kemudian diserahkan oleh Kongregasi Suci Pewartaan Iman (Propaganda Fide) kepada tarekat Misionaris Keluarga Kudus (MSF). Pada tanggal 10 Maret 1949, yurisdiksi tersebut ditingkatkan statusnya menjadi Vikariat Apostolik Banjarmasin. Karena perkembangannya kemudian dipecah dengan berdirinya Prefektur Apostolik Samarinda pada 21 Februari 1955. Bersamaan dengan berdirinya hierarki Gereja Katolik mandiri di Indonesia pada 3 Januari 1961 meningkat statusnya menjadi diosis atau keuskupan.