Topografi kecamatanPangkalan Koto Baru bervariasi antara datar dan berbukit-bukit dengan tinggi tempat terendah dari permukaan laut berada di waduk PLTA di nagari Tanjung Pauh (90 mdpl) dan daerah tertinggi berada pada Bukit Gadih (1330 mdpl) di nagari Koto Alam.
Kecamatan ini sangat banyak memiliki sungai yang telah banyak dimanfaatkan oleh masyarakatnya sebagai sumber air irigasi, mandi cuci dan kakus, memancing ikan, sumber galian C dan sebagai sarana transportasi yang menggunakan perahu untuk membawa hasil gambir dan karet.
Adapun sungai-sungai yang mengalir di nagari Gunung Malintang ada 6 buah, yaitu Batang Mahat, Batang Malutu, sungai Pimpiang, sungai Luhu dan sungai Lowan. Sungai yang mengaliri di nagari Pangkalan ada 5, yaitu Batang Mahat, sungai Maik, sungai Manggilang, sungai Samo, dan sungai Kasok.
Di nagari Koto Alam ada 3 sungai, yaitu sungai Air Gadang, sungai Air Koto Lamo, dan Batang Lui. Di nagari Gunung Malintang ada 2, yaitu Batang Manggilang dan Batang Malagiri. Di nagari Tanjung Balit ada Batang Mahat yang telah mengaliri daratannya menjadi waduk. Sementara di nagari Tanjung Pauh ada 5, yaitu sungai Cilatio, sungai Permato, sungai Picang, sungai Angki, dan sungai Marang.
