Klub je osnovan 1874. godine kao Christ Church Football Club. Tri godine kasnije mijenja ime u Bolton Wanderers FC. Bio je jedan od osnivača Football League. Bolton je klub sa najviše provedenih sezona u najvišem rangu bez osvojene titule. Najbliži osvajanju titule je bio u Prvoj Diviziji (u sezonama 1891-92, 1920-21 i 1924-25).
Najuspješniji period kluba bilo je 1920-ih kad je tri puta osvojio FA kup. 1958. godine osvaja FA kup po četvrti put. Bolton je dva puta izborio plasman u Kup UEFA u sezonama 2005-06 i 2007-08. Od 1895. godine klub je igrao na stadionu Burden Park. 1997. godine prelazi na stadion Reebok, a 2014. godine stadion mijenja ime u Macron.
Historija
Klub je osnovao Thomas Ogden, učitelj crkve 'Christ' kao Church FC. Prvobitno je igrao na terenu nedaleko od Univerziteta Bolton. Nakon spora sa vikarom klub napušta sjedište, te mijenja ime u Bolton Wanderers 1877. godine. Ime je izabrano u periodu kada je klub imao dosta problema sa terenima. Promijenili su tri terena u prve četiri godine postojanja.
Bolton je bio jedan od osnivača Football League, koja je formirana 1888. godine. U to vrijeme Lancashire je bio jedan od najjačih nogometnih regija u zemlji. Čak šest klubova iz ove regije je učestvovalo u osnivanju Football League. 1894. godine Bolton je igrao finale FA kupa po prvi put. Poražen je sa 4-1 od ekipe Notts County na Goodison Parku. Deset godina kasnije ponovo je poražen u finalu, ovaj put od ekipe Manchester City sa 1-0. U periodu prije i poslije Prvog svjetskog rata Bolton je uglavnom sezone završavao u samom vrhu. Među prvih osam ekipa nije se našao samo u sezonama 1911-12 i 1927-28. Njabolji plasman u tom periodu je bilo treće mjesto u sezonama 1920-21 i 1924-25.
28. aprila 1923. godine Bolton je osvojio prvi veliki trofej, nakon što je u finalu FA kupa bio bolji od West Ham Uniteda sa 2-0. Utakmica je odigrana na stadionu Wembley pred 127,000 gledalaca. Drugi trofej FA kupa je osvojen 1926. godine pobjedom protiv ekipe Manchester City sa 1-0 pred 91,000 gledalaca. Tri godine kasnije Bolton osvaja FA kup po treći put. Ovaj put je bio bolji od Portsmoutha sa 2-0.