El territori està dividit en 631 parròquies, agrupades en 8 regions, subdividits en 33 deganats.
Història
Cap als segles vii i viii Ratisbona va ser el centre de l'evangelització de Baviera, i obra dels bisbes itinerants com sant Emmerà († 652),[1]sant Rupert (vers el 697), sant Erard (vers 700-720) i el beat Albert (vers el 720).
Al 798 Salzburg va ser elevada a seu metropolitana i la diòcesi de Ratisbona esdevingué sufragània.
Al segle ix l'acció evangelitzadora es mogué cap a orient, rebent una àmplia zona eslava que comprenia Bohèmia, Moràvia, part de l'actual Eslovàquia i part de la Pannònia, les quals començaren a gravitar vers la diòcesi de Regensburg. El primer èxit de l'evangelització va ser el baptisme de catorze prínceps bohemis al 847 pel bisbe Baturico.
Al juny del 880 sant Medodi va ser elegit primer bisbe de Moràvia i Pannònia, amb seu a Nitra. La diòcesi de Nitra va crear-se a partir de territori de la de Regensburg, i posteriorment passaria el mateix amb la diòcesi de Praga, erigida al 937, la qual inicialment comprenia Bohèmia, Silèsia, Lusàcia, Moràvia, la Pannònia occidental fins als rius Vah i Danubi i la Baixa Àustria, entre els rius Thaya i Kamp.
Al 975 es fundà el famós cor de la catedral de Ratisbona, el Regensburger Domspatzen, que acompanyaria sense interrupció la història del bisbat.
Durant els segles x i xi van aparèixer nombrosos monestirs, la majoria dels quals adoptaren la reglabenedictina. Durant els segles següents aparegueren més monestirs, principalment dels ordes carmelita, dominics i framenors. Durant el segle xiii el bisbat de Ratisbona es convertí en un principat eclesiàstic dins del Sacre Imperi.
Durant els primers 30 anys del segle xvi el bisbe Johann von der Pfalz s'oposà eficaçment a la Reforma protestant, però el seu successor, Pankraz von Sinzenhofen, deixà propagar-se les noves doctrines fins al punt que els protestants ocuparen la catedral. L'escenari canvià a favor dels catòlics durant la segona meitat del segle, fos per la situació política o bé per l'acció dels jesuïtes, que fundaren un col·legi a Ratisbona el 1589. Algunes parròquies van retornar al catolicisme el 1614.
Posteriorment, la Guerra dels Trenta Anys va causar molt de mal a la ciutat i a la diòcesi, que van veure els seus béns robats, el clergat assetjats i el bisbe va ser empresonat.
El bisbe Albrecht Sigismund va començar el 1668 la sèrie de bisbes de la Casa de Baviera, que ocuparien la seu de Ratisbona durant 95 anys.
El 1803 Napoleó va traslladar l'arquebisbe de Magúncia a Ratisbona amb el títol d'arquebisbe de Ratisbona i primat d'Alemanya. Aquestes decisions van ser ratificades pel Papa Pius VII l'1 de febrer de 1805 mitjançant la butllaIn universalis Ecclesiae.