Nový kostel začal sloužit jako farní pro zvyšující se populaci ve vznikající Latinské čtvrti, kde byla založena Sorbonna a další koleje Pařížské univerzity. Kostel byl rozšířen v roce 1328, ale v 15. století proběhla jeho opětovná kompletní rekonstrukce.
Relikviář sv. Jenovéfy
V roce 1492 mniši věnovali pozemek na stavbu nového kostela. Stavba probíhala v několika etapách, díky čemuž získal kostel svůj současný vzhled. Stavbu prováděl architekt Étienne Viguier. V roce 1494 začala stavba apsidy a zvonice, první zvony byly zhotoveny roku 1500. Chór v pozdněgotickém slohu byl dokončen roku 1537. V letech 1530-1535 bylo vybudováno lektorium. Roku 1541 vysvětil Guy, biskup z Mégare, oltáře v kaplích apsidy. Téhož roku byly pořízeny vitráže a sochy. Loď v renesančním slohu byla zaklenutá před rokem 1584. Základní kámen průčelí položila v roce 1610královna Margot, která věnovala na stavbu kostela osobní dar 3000 liber.
V 17. a 18. století získal kostel Saint-Étienne-du-Mont vysokou prestiž, když z něj byla vypravována procesí s relikviářem sv. Jenovéfy do katedrály Notre-Dame a zpět. V roce 1711 byly do kostela přeneseny ostatky Jeana Racina z kláštera Port-Royal. Velké varhany byly v roce 1760 byly těžce poškozeny požárem a v roce 1777 obnoveny. V roce 1863 a 1873 je restauroval Aristide Cavaillé-Coll. Menší chórové varhany pocházejí z roku 1902.
Renesanční fasáda z let 1610-1622 znamenala ukončení stavebních prací na kostele. V úrovni ulice připomíná řecký chrám se čtyřmi korintskými sloupy. Reliéf v tympanonu zobrazuje umučení sv. Štěpána, kterému anděl podává mučednický palmový list, zatímco vpravo sedící velekněz dává souhlas s jeho ukamenováním. Ve frontonu je zobrazen vítězící Kristus. Kamenné sochy sv. Jenovéfy a sv. Štěpána po stranách rozety jsou kopiemi originálů zničených během Francouzské revoluce. Střední část fasády má římský styl a ukazuje Zvěstování Panny Marie a nad rozetou znakJindřicha IV. Špičaté zakončení průčelí připomíná malou pyramidu a symbolicky směřuje k nebesům. Jednoznačnou asymetrii na fasádě vytváří malá věžička na levé straně, která nemá protějšek na opačné straně. Označovala hranici mezi jurisdikcí kláštera sv. Jenovéfy a pařížskou diecézí. Výrazně vysoká zvonice byla postavena na přání obyvatel, neboť zvuk zvonů z nízkých zvonic vytvářel v úzkých uličkách značný hluk.
Lektorium zdejšího kostela je jediné v celé Paříži a jedno z mála, které nebylo ve Francii odstraněno při změnách v pojetí liturgie. Pravděpodobně byla z liturgických důvodů odstraněna jen zadní stěna lektoria, ale jinak si farníci přáli jeho zachování. Má gotickou stavbu s renesanční výzdobou. Nástroje Kristova utrpení, které drželi andělé v oblouku, byly za Francouzské revoluce nahrazeny vítěznou palmou a věncem. Protože také toto jsou křesťanské symboly, byly zde ponechány i po Revoluci.
V kostele je uložen též relikviář sv. Jenovéfy. Moderní sarkofág z 19. století upomíná na středověké relikviáře a obsahuje též zachovanou část původního sarkofágu sv. Jenovéfy. Vitráže kolem rakve sv. Jenovéfy zobrazují na jedné straně procesí s ostatky světice a na druhé straně hlavní výjevy z jejího života (misionářství, povolání, vysvěcení, sen, stravování chudých, ochrana před Huny, přijetí za řádovou sestru, smrt).
Francouzský spisovatel Joris Karl Huysmans označil kostel ve svém díle En route (1895) jako nejkrásnější kostel ve Francii.
