Jesper Jensen var playmaker og var gennem flere år en af Skjerns bærende kræfter. Han scorede en del mål, ikke mindst da han meget ofte skød straffekast, men derudover havde han et godt blik for sine medspillere. Han stoppede sin aktive karriere med udgangen af sæsonen 2012-13.
Jesper Jensen spillede, inden han kom til Skjern, i HEI, Skæring og Team Esbjerg.
Han er bror til Trine Jensen (håndboldspiller i GOG og på landsholdet).
Han blev i november2006 far til Louise, som han fik sammen med Lotte Haandbæk, (Team Esbjerg).
På det danske landshold spillede han 120 landskampe og scorede 231 mål, og han fik sit gennembrud under EM i 2006, hvortil han egentlig kun kom med på afbud fra Lasse Boesen, og præstationen blev godt fulgt op med spil på et stabilt højt niveau under VM i 2007. På landsholdet stod han lidt i skyggen af Joachim Boldsen, men i modsætning til Boldsen spillede Jesper Jensen på landsholdet så vidt muligt ikke i forsvaret, idet han fysisk ikke var helt stærk nok til at matche mange af modstandernes – ofte meget store – bagspillere.
Trænerkarriere
Jesper Jensen er efter afslutningen af sin aktive karriere blevet træner og var først cheftræner for Vejen EH (kvinder) i sæsonen 2013-14, inden han skiftede til en tilsvarende position for herreholdet i Aalborg Håndbold fra sommeren 2014, hvor han var, til han blev fyret i marts 2016.[5]
Han blev i januar 2017 ansat som assistenttræner i Team Esbjerg,[6] og efter at klubben fyrede Lars Frederiksen i maj 2017 blev Jesper Jensen forfremmet til cheftræner.[7] Han blev i denne stilling frem til sommeren 2024.[1]
Samtidig med posten i Esbjerg blev Jesper Jensen i foråret 2020 tillige landstræner for det danske kvindelandshold,[2] og han stod derfor i spidsen for holdet, der vandt bronze ved VM 2021, sølv ved EM 2022 og bronze ved VM 2023.