Zwei Jahre später ging Speer als wissenschaftlicher Assistent an das Thomas-Institut der Universität Köln und war dort für die Organisation der Kölner Mediävisten-Tagungen zuständig. Speer habilitierte 1994 über Begründungsversuche einer „scientia naturalis“ im 12. Jahrhundert. Die Habilitationsschrift wurde 1996 mit dem Offermann-Hergarten-Preis ausgezeichnet.
Zwischen 1995 und 2000 war Speer Heisenberg-Stipendiat der Deutschen Forschungsgemeinschaft. Er hatte in dieser Zeit Gastdozenturen an der Universität Sofia, an der Biblioteca Vaticana, an der University of Notre Dame, sowie an der Katholieke Universiteit Leuven. Seine Ernennung zum außerplanmäßigen Professor für Philosophie in Köln folgte 1998, 2000 wurde er dann als ordentlicher Professor an die Universität Würzburg berufen, wo er am 4. Mai desselben Jahres seine Antrittsvorlesung zum Thema „Endliche Weisheit – eine Annäherung an die Philosophie“ hielt. So war 2000 ein ereignisreiches Jahr für Speer und endete mit der Funktion des Sprechers des „Engeren Kreises“ der Deutschen Gesellschaft für Philosophie (DGPhil / AGPD). Speer hatte dann später den Lehrstuhl für Philosophie III der Universität Würzburg von 2001 bis 2004 inne, als er die Stelle des Direktors des Thomas-Instituts und den damit verbundenen Lehrstuhl für mittelalterliche Philosophie der Universität Köln annahm. In diesem Zuge wurde er dann auch Direktor der Averroes latinus-Edition die im Thomas-Institut bis heute beheimatet ist. Ein weiteres wichtiges Ereignis in diesem Jahr war aber auch die Präsidentschaft der Gesellschaft für Philosophie des Mittelalters und der Renaissance (GPMR). Überhaupt waren die Jahre nach 2000 Jahre der Ernennungen und Auszeichnungen für Speer, was dann 2005 seinen bisherigen Höhepunkt mit dem Doktortitel honoris causa der „St. Kliment Ochridski“-Universität, Sofia/Bulgarien erreicht hatte. Weiter wurde er 2005 zum Sprecher des Zentrums für Mittelalterstudien (ZfMs) die ebenfalls an der Universität zu Köln ansässig sind sowie zum Mitglied des erweiterten Vorstandes der Deutschen Gesellschaft für Philosophie (DGPhil) ernannt.
2008 wurde an der Philosophischen Fakultät der Universität zu Köln die a.r.t.e.s.Forschungsschule gegründet, die ab 2012 im Zuge der Dritten Runde der Exzellenzinitiative zur a.r.t.e.s. Graduate School for the Humanities Cologne ausgeweitet wurde und als deren Sprecher Speer bis heute fungiert.[2] Die interdisziplinäre Graduiertenschule orientiert sich an einem Konzept der Humanities jenseits der Dichotomie von Geistes- und Kulturwissenschaften auf der einen und Naturwissenschaften auf der anderen Seite.
Speer wurde am 1. Juli 2020 neu in den Senat der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) (Platz für Kunstgeschichte und Philosophie) gewählt.[3]
Speers Forschung beschäftigt sich intensiv mit dem Philosophieverständnis der Menschen des 13. Jahrhunderts. Mit dieser Thematik beschäftigte sich über zehn Jahre lang eine von Speer und dem Architekturhistoriker Günther Binding geleitete interdisziplinäre Arbeitsgruppe. Aus dieser gingen zahlreiche Veröffentlichungen hervor, darunter die kritische Ausgabe der Werke des Abtes Suger von Saint-Denis.
Neben der Geschichte der mittelalterlichen Philosophie beschäftigt er sich mit Fragen der Metaphysik und der Erkenntnistheorie. Auch Naturphilosophie, Ästhetik und das Verhältnis von Philosophie und Weisheit gehören zu seinen Interessengebieten. Einige Monographien, Sammelbände und Aufsätze von Speer gelten in Fachkreisen als Standardwerke zu diesen Themen.
Weitere Forschungsschwerpunkte:
Geschichte und Systematik der Philosophie, insbesondere der Philosophie des Mittelalters
Systematik und Geschichte der Epistemologie und Wissenschaftstheorie
Naturphilosophie und Naturwissenschaften im Mittelalter
Philosophie und Weisheit
Der Theologiediskurs im Schnittfeld von Philosophie und Religion
Ästhetik und Kunsttheorie: Mittelalter und Gegenwart
Zum Verhältnis von Anthropologie und Ethik
Veröffentlichungen (Auswahl)
als Hrsg. mit Lydia Wegener: Wissen über Grenzen. Arabisches Wissen und lateinisches Mittelalter. Berlin 2006 (= Miscellanea mediaevalia. Band 33).
↑Register der Verfasser. (Register) In: Historisches Wörterbuch der Philosophie.S. 71 f., archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 29. Oktober 2014; abgerufen am 29. Oktober 2014 (deutsch).
