Das Amt wurde am 28. September 1988 vom Kabinett Kohl III als Beauftragter der Bundesregierung für Aussiedlerfragen geschaffen. Der erste Beauftragte war Horst Waffenschmidt. Am 20. November 2002 wurde das Aufgabengebiet durch Beschluss der Bundesregierung um die nationalen Minderheiten erweitert und entsprechend umbenannt. Nach dem Rahmenübereinkommen des Europarates zum Schutz nationaler Minderheiten sind dies die Dänen in Schleswig-Holstein, die Friesen in Schleswig-Holstein und Niedersachsen, die Sorben in Brandenburg und Sachsen sowie die Roma und Sinti.