Als Senator Matsunaga am 15. April 1990 starb, wurde Daniel Akaka von GouverneurJohn Waihee zu dessen Nachfolger ernannt. Er wechselte innerhalb des Kongresses am 16. Mai 1990 in den Senat und wurde dreimal im Amt bestätigt. Zuletzt gewann er im Jahr 2006 mit 61,8 Prozent der Stimmen gegen die RepublikanerinCynthia Thielen. Zuvor hatte er sich bei der Primary der Demokraten mit einem Stimmenanteil von 53 Prozent gegen den Kongressabgeordneten Ed Case durchgesetzt. Von 2007 bis 2011 war Akaka im Senat Vorsitzender des Veteranenausschusses; im Januar 2011 übernahm er vom ausgeschiedenen Byron Dorgan die Leitung des Committee on Indian Affairs.
Am 2. März 2011 gab Akaka als siebter amtierender Senator bekannt, dass er sich bei der Wahl 2012 nicht erneut um sein Mandat bewerben werde. Es sei „der richtige Zeitpunkt“ für seinen Rücktritt, erklärte der zu diesem Zeitpunkt 86-jährige Senator.[1] Als seine Nachfolgerin wurde die demokratische Kongressabgeordnete Mazie Hirono gewählt, die ihn dann am 3. Januar 2013 ablöste.
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