Errichtet wurde sie 1531 mit der Einsetzung des Reformators Urbanus Rhegius als Superintendent der lüneburgischenLandeskirche mit Sitz in Celle. Der Titel eines Generalsuperintendenten für den Amtsinhaber wurde allerdings erst später eingeführt. Die Generalsuperintendenten waren Inhaber der ersten Pfarrstelle an der Stadtkirche in Celle. Sie waren Mitglied des Konsistoriums in Celle und nach dessen Aufhebung (1705) des Konsistoriums in Hannover.
Zu Beginn des 18. Jahrhunderts ging ein Teil des Gebietes an die neu begründete Generaldiözese Harburg (Harburg, Lüchow, Bardowick, Dannenberg, Fallersleben und Klötze).
1903 ging die Generaldiözese Lüneburg-Celle in der neugegründeten Generaldiözese Hannover auf.
Bei der Reorganisation der kirchlichen Verwaltung unter Landesbischof August Marahrens 1936 wurde als Nachfolger der früheren Generaldiözese der Sprengel Celle gebildet.