Von 1989 bis 1991 war Gudera als Abteilungsleiter für Logistik im Wehrbereichskommando V in Stuttgart eingesetzt. Im Anschluss daran übernahm er vom 1. April 1991 bis zum 31. März 1993 die Panzerbrigade 36 in Bad Mergentheim. Nach diesem Truppenkommando wurde er abermals nach Bonn in das Verteidigungsministerium versetzt und diente dort bis 1996 als Unterabteilungsleiter für Personalangelegenheiten. Am 1. Oktober 1996 übernahm Gudera dann, zum Generalmajor ernannt, die 7. Panzerdivision in Düsseldorf. Zugleich war er bis zum September 2000 Befehlshaber im Wehrbereich III. In dieser Verwendung war er zwischen Dezember 1997 und Juni 1998 in Sarajewo als Chef des Stabes der NATO-Stabilisierungskräfte unter dem Kommando des US-amerikanischen GeneralsEric K. Shinseki in Bosnien und Herzegowina eingesetzt.
Am 1. Juli 2000 übergab Gudera die 7. Panzerdivision an Generalmajor Jürgen Ruwe und trat zum 1. Oktober in Bonn als Generalleutnant den Posten des stellvertretenden Inspekteurs des Heeres an und war bis zum 28. März 2001 der Stellvertreter von Helmut Willmann, dem er als Inspekteur des Heeres nachfolgte.
Gudera trat am 3. März 2004 als Inspekteur des Heeres zurück und ging in den Ruhestand. Die Gründe für den Rücktritt waren Spannungen zwischen ihm und dem damaligen BundesverteidigungsministerPeter Struck. Beide waren sich uneins über die Reform des Heeres. Gudera kritisierte, dass das Heer bei der höchsten Einsatzbelastung der Teilstreitkräfte zugleich die höchsten Einsparungen hinnehmen musste.[1]