2002 erhob die Basler Staatsanwaltschaft Anklage gegen Zäch. Sowohl das Basler Strafgericht als auch das Basler Appellationsgericht verurteilten ihn, letzteres zu 16 Monaten Gefängnis bedingt, wegen mehrfacher Veruntreuung mit einer Schadensumme von 1,4 Millionen Franken.[1] Zäch zog das Urteil ans Bundesgericht weiter, das am 19. März 2007 die Strafe der Vorinstanz bestätigte.[2] Die Stiftungsaufsicht im Eidgenössischen Departement des Innern verlangte darauf von der Paraplegiker-Stiftung Erklärungen, wer die Stiftung künftig führen wird und wie der Rest der insgesamt 1,3 Millionen Schweizer Franken zurückerstattet werden soll. Zäch trat daraufhin per 30. September 2007 aus dem Stiftungsrat zurück. Er wurde zum Ehrenpräsidenten ernannt.[3]
Guido A. Zäch wurde 1988 mit dem Adele-Duttweiler-Preis ausgezeichnet. 1999 erhielt er die Ehrenmedaille der International Medical Society of Paraplegie (IMSOP, heute ISCoS), und im Jahr 1997 verlieh ihm die Universität Freiburg im Üechtland den Ehrendoktortitel Dr. rer. nat. h. c.