Demokratie des Wissens. Aufklärung, Rationalität, Menschenrechte und die Notwendigkeit des Möglichen. VSA, Hamburg 1991, ISBN 3-87975-578-7.
Geschichte, gesellschaftliche Bewegung und Erkenntnisprozess. Studien zur Dialektik der Theorienentwicklung in der bürgerlichen Gesellschaft. Akademie-Verlag, Berlin 1984.
Kritik der Repräsentation. Einführung in die Theorie der Überzeugungen, der Wissenskulturen und des Wissens. Suhrkamp, Frankfurt/M. 2009, ISBN 978-3-518-29520-5.
Natur und Wissenskulturen (Sorbonne-Vorlesungen über Epistemologie und Pluralismus). Metzler, Stuttgart 2002, ISBN 3-476-01920-9.
Praxis und Geschichtsbewußtsein. Studie zur materialistischen Dialektik, Erkenntnistheorie und Hermeneutik. Suhrkamp, Frankfurt/M. 1973, ISBN 3-518-00529-4.
Die Wirklichkeit des Wissens. Geschichtliche Einführung in die Epistemologie und Theorie der Erkenntnis. Suhrkamp, Frankfurt/M. 1991, ISBN 3-518-11679-7.
Recht und Staat nach menschlichem Maß. Einführung in die Rechts- und Staatstheorie in menschenrechtlicher Perspektive. Velbrück Wissenschaft, Weilerswist 2013, ISBN 978-3-942393-52-2.
Herausgeber
Enzyklopädie Philosophie. 2., überarbeitete und erweiterte Auflage. Meiner, Hamburg 2010, ISBN 978-3-7873-1999-2, (3 Bde., parallel dazu auch als CD erschienen).
Enzyklopädie und Emanzipation. Das ganze Wissen. Pahl-Rugenstein, Köln 1988, ISBN 3-7609-1255-9, (Dialektik; 16).
Europäische Enzyklopädie zu Philosophie und Wissenschaften. Meiner, Hamburg 1990, ISBN 3-7873-0983-7, (4 Bde., zusammen mit Armin Regenbogen, Chup Friemert u. a.).
Friedrich Wilhelm Joseph Schelling, Philosophische Entwürfe und Tagebücher. Meiner, Hamburg 1994 ff (weitergeführt von Martin Schraven).
Hans Jörg Sandkühler: Repräsentation – Die Fragwürdigkeit unserer Bilder von der Welt der Dinge (PDF; 72 kB), in: Silja Freudenberger, Hans Jörg Sandkühler (Hrsg.): Repräsentation, Krise der Repräsentation, Paradigmenwechsel. Ein Forschungsprogramm in Philosophie und Wissenschaften. Frankfurt u. a. 2003, S. 47–70