Der Begriff Hypogenese beschreibt den Prozess der (De-)Mineralisierung innerhalb und unterhalb der Erdkruste, der durch aufsteigende (und oft heiße) Flüssigkeiten in Gang gesetzt wird. Er wird hauptsächlich in der Geologie der Erze verwendet. Primäres, unverändertes Erz, das sich direkt aus wässerigen Thermalflüssigkeiten aus großen Tiefen gebildet hat, wird als hypogenes Gestein bezeichnet. Im Gegensatz wird Erz, das durch absteigende Flüssigkeiten nahe der Erdoberfläche entstanden ist und das meist durch eine Verwitterung und Veränderung der primären Mineralanordnung gekennzeichnet ist, als supergenes Gestein bezeichnet. Viele durch Hypogenese entstandenen Mineralien und Erze sind von großer wirtschaftlichen Bedeutung.

Der Begriff hypogen wird auch im Zusammenhang mit Karsthöhlen gebraucht, die durch Auflösung des Grundgesteins entstehen. Die Ursache kann epigen sein, d. h. durch die flache Zirkulation des meteorischen Grundwassers (gespeist durch Niederschlag), oder hypogen, d. h. durch steigendes Grundwasser oder durch eine tief sitzende Lösungsaggressivität von Flüssigkeiten.^[1]

• Durch magmatische Prozesse entstandenes magmatisches Gestein

• Barbara I. Kleine, Andri Stefánsson: Hypogene. In: William M. White (Hrsg.): Encyclopedia of Geochemistry: A Comprehensive Reference Source on the Chemistry of the Earth. Springer International Publishing, Cham 2018, ISBN 978-3-319-39312-4, S. 715–717, doi:10.1007/978-3-319-39312-4_67. 
• J. J. Ague: Fluid Flow in the Deep Crust. In: Heinrich D. Holland, Karl K. Turekian (Hrsg.): Treatise on Geochemistry. Pergamon, Oxford 2003, ISBN 978-0-08-043751-4, S. 195–228, doi:10.1016/B0-08-043751-6/03023-1. 
• John Rakovan: A Word to the Wise: Hypogene & Supergene. In: Rocks & Minerals. Band 78, Nr. 6, 1. Dezember 2003, S. 419, doi:10.1080/00357529.2003.9926759. 

1. ↑ Arthur N. Palmer: Distinction between epigenic and hypogenic maze caves. In: Geomorphology. Band 134, Nr. 1, 1. November 2011, S. 9–22, doi:10.1016/j.geomorph.2011.03.014.