An der Harvard Law School arbeitete er anschließend in der Studentenberatung. Er lehrte und publizierte im Bereich Internationale Menschenrechte und speziell Rechte indigener Völker.[2] Von 1988 bis 1999 war er Professor an der juristischen Fakultät der University of Iowa.[3] Danach bekleidete er eine Professur für den Bereich Menschenrechtspolitik an der University of Arizona.[2]
Anaya arbeitete als Berater für Organisationen und Regierungsbehörden in zahlreichen Ländern in Fragen der Menschenrechtssituation indigener Völker und er repräsentierte Indigenen-Vertretungen aus vielen Regionen Nord- und Zentralamerikas in Landrechtsprozessen vor Gerichten und gegenüber internationalen Organisationen. Er war der führende Jurist auf Seiten der Indigenen im Rechtsstreit zwischen der Maya-Gruppe Awas Tingni gegen den Staat Nicaragua, in dem der Interamerikanische Gerichtshof für Menschenrechte erstmals indigene Landrechte zum Gegenstand internationaler Rechtsprechung machte.[5] Er leitete auch ein Juristenteam, das ein Urteil durch den Obersten Gerichtshof von Belize erreichte, welches traditionelle Landrechte von Mayas in diesem Staat bestätigte.[6]
Indigenous peoples in international law, Oxford University Press, 1996, ISBN 0-19-508620-1
Maya aboriginal land and resource rights and the conflict over logging in southern Belize, Yale Human Rights & Development Law Journal, 1998
Indigenous peoples in international law, Oxford University Press, 2004, ISBN 0-19-517349-X
International Human Rights: Problems of Law, Policy, and Practice, Mitautoren: Richard B. Lillich, Hurst Hannun & Dinah L. Shelton, 2006, ISBN 0-316-52687-8
The Protection of Indigenous Peoples' Rights Over Lands and Natural Resources Under the Inter-American Human Rights System, Mitautor: Robert A. Williams, Jr., 14 Harv. Hum. Rts. J. 33, 2001
The Native Hawaiian People and International Human Rights Law: Toward a Remedy for Past and Continuing Wrongs, 28 Ga. L. Rev. 309, 1994
A Contemporary Definition of the International Norm of Self-Determination, 3 Transnat'l L. & Contemp. Probs. 131, 1993
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