Im Jahr 2019 wechselte Philipsen zum UAE Team Emirates und fuhr somit für ein UCI WorldTeam. Sein erstes Rennen bestritt er bei der UCI-WorldTour-Rundfahrt Tour Down Under, bei der er die fünfte Etappe im Sprint gewann, nachdem Caleb Ewan, der die Ziellinie als Erster passierte, wegen Kopfstößen gegen ihn distanziert wurde.[1] Der Etappensieg blieb Philipsens einziger Erfolg in der Saison 2019, wenngleich er bei mehreren Eintagesrennen wie dem Nokere Koerse und der Brussels Cycling Classic auf dem Podium stand.
Im Jahr 2020 sicherte sich Philipsen die Punktewertung der Tour Down Under. Nachdem er jeweils eine Etappe der Tour du Limousin und Benelux Tour gewann, sowie Fünfter beim Scheldeprijs wurde, gab er sein Grand Tour-Debüt bei der Vuelta a España 2020. Nach einem zweiten und einem vierten Platz setzte er sich im Massensprint der 15. Etappe vor Pascal Ackermann durch und feierte so seinen ersten Grand Tour-Etappensieg. In der Gesamtwertung belegte er den 85. Rang.
Nach zwei Jahren beim UAE Team Emirates, wechselte Jasper Philipsen im Jahr 2021 zum belgischen Alpecin-Fenix Team, das um den Klassiker-Spezialisten und mehrfachen Cyclocross-Weltmeister Mathieu van der Poel aufgebaut worden war. Im Frühjahr musste sich Philipsen bei der Classic Brugge-De Panne nur dem Iren Sam Bennett geschlagen geben, ehe er den Scheldeprijs gewann. Kurz darauf ging er bei der Türkei-Rundfahrt an den Start und sicherte sich nach zwei Etappensiegen und vier zweiten Plätzen die Punktewertung der Rundfahrt. Im Sommer nahm er erstmals an der Tour de France teil, konnte jedoch keinen Abschnitt gewinnen. Mit der Vuelta a España 2021 bestritt er wenige Wochen später eine weitere Grand Tour und gewann die 2. und 5. Etappe im Massensprint vor Fabio Jakobsen. Nachdem er die Spanien-Rundfahrt frühzeitig wegen Fieber verlassen hatte,[2] feierte Philipsen mit dem Kampioenschap van Vlaanderen, Eschborn–Frankfurt, Grand Prix de Denain und der Paris-Chauny vier Siege in nur neun Tagen. Zudem war er mit Eschborn–Frankfurt 2021 erstmals bei einem Eintagesrennen der UCI WorldTour erfolgreich.
Im Jahr 2022 startete Jasper Philipsen mit zwei Etappensiegen bei der UAE Tour in die Saison. Zudem gewann er auch die Punktewertung der Rundfahrt. Nach jeweils einem Etappensieg bei der Türkei-Rundfahrt und Belgien-Rundfahrt, wurde er hinter Tim Merlier und Jordi Meeus Dritter der belgischen Meisterschaften. Bei der Tour de France 2022 glaubte sich Philipsen im Ziel der 4. Etappe als Sieger, da er nicht mitbekommen hatte, dass sich Wout van Aert im letzten Anstieg vom Hauptfeld abgesetzt hatte.[3] Auf der 15. Etappe gelang ihm sein erster Tour-de-France-Etappensieg, ehe er auch auf der Champs Élysées das Ziel als Erster überquerte. Am Ende der Saison gewann Jasper Philipsen eine Etappe der Dänemark-Rundfahrt sowie den Omloop van het Houtland und Paris–Bourges.
2023 folgte die bis dahin erfolgreichste Saison. Er gewann im Massensprint zwei Etappen von Tirreno–Adriatico. Danach setzte er sich bei der Classic Brugge-De Panne vor dem Niederländer Olav Kooij durch und feierte so seinen zweiten Erfolg bei einem Eintagesrennen der UCI WorldTour. Nachdem er den Scheldeprijs zum zweiten Mal für sich entschieden hatte, ging er zum dritten Mal bei Paris–Roubaix an den Start und absolvierte den Großteil des Rennens in der Favoritengruppe. Nachdem sich sein Teamkollege Mathieu van der Poel als Solist abgesetzt hatte, erreichte er das Velodrome gemeinsam mit Wout van Aert, den er im Sprint um Platz zwei bezwang.[4] Nach seinem ersten Podiumsplatz bei einem Monument des Radsports gewann er mit der Elfstedenronde ein weiteres Kopfsteinpflaster-Rennen. Im Anschluss an einen weiteren Etappensieg bei der Belgien-Rundfahrt ging Philipsen zum vierten Mal bei der Tour de France an den Start. Dort konnte er mit der Unterstützung von Mathieu van der Poel, der sich als Anfahrer in seine Dienste stellte, vier Etappen im Sprint gewinnen.[5] Zudem sicherte er sich das Grüne Trikot des besten Fahrers in der Punktewertung. Nach der Frankreich-Rundfahrt gewann Philipsen eine Etappe der Renewi-Tour und siegte bei den Eintagesrennen Kampioenschap van Vlaanderen, Gooikse Pijl, Paris-Chauny und dem Elfstedenrace. Seine letzten Saisonrennen bestritt er bei der Türkei-Rundfahrt, wo er sich auf vier der acht Etappen durchsetzte und so auch die Punktewertung gewann.
Nach den Erfolgen des Vorjahres gewann Jasper Philipsen erneut eine Etappe bei Tirreno–Adriatico. Bei Mailand–Sanremo überquerte er den Poggio in der ersten Verfolgergruppe, die in der anschließenden Abfahrt zur Spitze des Rennens aufschloss. Auf den letzten flachen Kilometern stellte sich Mathieu van der Poel erneut in die Dienste seines Teamkollegen und neutralisierte alle Angriffe, sodass es auf der Via Roma zu einem Sprint aus einer kleinen Gruppe kam. In diesem setzte sich Jasper Philipsen knapp vor Michael Matthews durch und gewann so erstmals ein Monument des Radsports.[6] Nach seinem zweiten Sieg bei der Classic Brugge-De Panne wurde er Vierter von Gent–Wevelgem, ehe er zum zweiten Mal in Folge hinter Mathieu van der Poel auf dem Podium von Paris–Roubaix stand. Bei der Belgien-Rundfahrt gewann Philipsen eine Etappe und die Punktewertung, musste sich kurz darauf bei den belgischen Meisterschaften jedoch seinem jüngeren Landsmann Arnaud De Lie geschlagen geben. Nach zwei zweiten Plätzen, gewann er die 10. Etappe der Tour de France, wobei Mathieu van der Poel wie im Vorjahr als sein letzter Anfahrer fungierte.[7] Wenige Tage später gewann er auch die 13.und 16. Etappe im Massensprint. In der Punktewertung musste er sich jedoch dem Eritreer Biniam Girmay geschlagen geben. Nach der Frankreich-Rundfahrt kehrte Philipsen im Rahmen der Benelux Tour ins Fahrerfeld zurück, bei der er eine Etappe und die Punktewertung für sich entschied. Am Ende der Saison gewann er den Sparkassen Münsterland Giro und stand als Dritter auf dem Podium von Paris–Tours. Bei den Europameisterschaften im belgischen Hasselt verpasste er als Vierter nur knapp eine Medaille, wobei er sich im Massensprint seinem Landsmann Tim Merlier geschlagen geben musste.
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