Michael Hepburn gewann 2009 bei den australischen Bahnradmeisterschaften in Adelaide die Junioren-Wettbewerbe in der Einerverfolgung, der Mannschaftsverfolgung und im Omnium. In der Einerverfolgung stellte er dabei einen neuen Junioren-Weltrekord auf. Bei der Junioren-Weltmeisterschaft in Moskau wurde er Weltmeister in der Einerverfolgung und Zweiter in der Mannschaftsverfolgung. In der Eliteklasse war Hepburn beim Bahnrad-Weltcup 2009/2010 bei der Mannschaftsverfolgung in Melbourne und in Peking erfolgreich. 2010 wurde er Australischer Meister im Omnium. Bei der Bahnrad-WM 2010 in Ballerup wurde Hepburn Weltmeister in der Mannschaftsverfolgung.
Auf der Straße gewann Michael Hepburn 2008 eine Etappe bei der Tour of Tasmania und 2009 war er bei zwei Teilstücken der Tour of the Murray River erfolgreich. Ab 2010 fährt er für das australische Team Jayco-Skins. In seinem ersten Jahr dort wurde er nationaler Meister im Straßenrennen der U23-Klasse.