Bei den Kongresswahlen des Jahres 1789 wurde Lee im dritten Wahlbezirk von Virginia in das damals noch in New York tagende US-Repräsentantenhaus gewählt, wo er am 4. März 1789 sein neues Mandat antrat. Nach zwei Wiederwahlen konnte er bis zum 3. März 1795 drei Legislaturperioden im Kongress absolvieren. Seit 1793 vertrat er dort den neu eingerichteten 17. Distrikt seines Staates. Im Jahr 1794 wurde er nicht bestätigt.
Im Jahr 1796 sowie zwischen 1799 und 1806 war er nochmals Abgeordneter im Staatsparlament von Virginia. Um das Jahr 1815 zog er nach Washington D.C. 1816 wurde er von Präsident James Madison zum Beauftragten zur Erfassung der Kriegsschäden des Britisch-Amerikanischen Krieges von 1812 ernannt. Drei Jahre später berief ihn der neue Präsident James Monroe zum Vormundschaftsrichter im Bundesbezirk District of Columbia. Dieses Amt bekleidete er bis zu seinem Tod. Außerdem bewirtschaftete er als Pflanzer seine Plantage.