Da für alle evangelischen Gläubigen im Bereich der rechtsrheinischen Orte gegenüber von Köln nur eine evangelische Kirche (die Friedenskirche in Mülheim) existierte, entstand Mitte des 19. Jahrhunderts der Entwurf von Robert Ferdinand Cremer für einen Kirchenbau im damals selbständigen Deutz. Der Bau begann 1859, und am Reformationstag 1861 wurde die St.-Johannes-Kirche eingeweiht. Mit dem Bevölkerungswachstum war das zunächst solitär stehende Bauwerk bald in den Straßenzug der Tempelstraße eingebunden. Es sticht mit einem achtseitigen Turm und Portal hervor, die aus dem dreiteiligen Westriegel aufragen. Die Kirche wurde von Eduard Kramer in einem Stilmix mit klassizistischen und neuromanischen Elementen im Stil von Friedrich August Stüler und Ernst Friedrich Zwirner nach dem Eisenacher Regulativ erbaut.
Im Zweiten Weltkrieg brannte die Kirche in der Nacht vom 31. Mai zum 1. Juni 1942 vollständig aus. 1943 verursachte eine Sprengbombe weitere Schäden.[1] Der Wiederaufbau erfolgte in Etappen: 1952 wurde die geschwungene Orgelempore eingebaut, die Orgel kam 1963 hinzu und 1970 der Turm in seiner ursprünglichen Höhe.