Touchdown-PCR

Die Touchdown-PCR ist eine Variante der Polymerasekettenreaktion, bei der in jedem Zyklus der Amplifikation die Hybridisierungstemperatur leicht abgesenkt wird,…

Touchdown-PCR
Touchdown-PCR

Die Touchdown-PCR ist eine Variante der Polymerasekettenreaktion, bei der in jedem Zyklus der Amplifikation die Hybridisierungstemperatur leicht abgesenkt wird, um in Mischungen spezifischere Bindungen zwischen Vorlage und Primern zu erzielen.[1]

Eigenschaften

Bei der Touchdown-PCR wird im ersten Zyklus die maximale Hybridisierungstemperatur verwendet.[2] In den weiteren Zyklen wird die Temperatur schrittweise abgesenkt, bis sie bei der errechneten Hybridisierungstemperatur, oder etwas darunter liegt. Sie wird eingesetzt, wenn mehrere Primer oder mehrere Bindungsstellen für Primer und dementsprechend mehrere Hybridisierungstemperaturen vorkommen, wie z. B. degenerierte Primermischungen.[3][4] Touchdown erhöht die Spezifität der Reaktion bei höheren Temperaturen und steigert die Effizienz gegen Ende durch Senkung der Hybridisierungstemperatur.

Einzelnachweise

  1. ↑ R. H. Don, P. T. Cox, B. J. Wainwright, K. Baker, J. S. Mattick: ‘Touchdown’ PCR to circumvent spurious priming during gene amplification. In: Nucleic acids research. Band 19, Nummer 14, Juli 1991, S. 4008, doi:10.1093/nar/19.14.4008, PMID 1861999, PMC 328507 (freier Volltext).
  2. ↑ K. H. Hecker, K. H. Roux: High and low annealing temperatures increase both specificity and yield in touchdown and stepdown PCR. In: BioTechniques. Band 20, Nummer 3, März 1996, S. 478–485, doi:10.2144/19962003478, PMID 8679209.
  3. ↑ K. H. Roux: Using mismatched primer-template pairs in touchdown PCR. In: BioTechniques. Band 16, Nummer 5, Mai 1994, S. 812–814, PMID 8068332.
  4. ↑ S. M. Hussain, A. Sharif, F. Bashir, S. Ali, A. Javid, A. I. Hussain, A. Ghafoor, M. A. Alshehri, A. Naeem, E. Naeem, M. Amjad: Polymerase Chain Reaction: A Toolbox for Molecular Discovery. In: Molecular Biotechnology. [elektronische Veröffentlichung vor dem Druck] Februar 2025, doi:10.1007/s12033-025-01390-z, PMID 39955471 (Review).

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