Er wurde 1532 nach einem Angriff der Türken auf die Festung Güns als überlebendes Kind unter Toten in Pfaffstätten gefunden. Nach seinen Pflegeeltern wurde er Sachstettner oder Sagstetter genannt.
Sein Ziehvater schickte ihn zu Felizian von Potschach, Rat von König Ferdinand I., damit er sich mit dessen Sohn Felizian in Wien den Studien widmete. Urban Sagstetter wurde ein guter Kenner der hebräischen Sprache. 1547 wurde er Diakon und als Prediger am Bürgerspital angestellt. Er empfing 1551 die Priesterweihe, wurde Domprediger und 1553 als Titularbischof von SymbalonWeihbischof in Passau. Die Bischofsweihe spendete ihm am 29. Juni 1553 der Passauer FürstbischofWolfgang von Salm.
1556 ernannte ihn Ferdinand I. zum Bischof von Gurk.
Im Februar 1563 wurde er zum Bischof von Wien ernannt, verzichtete aber nicht auf Gurk, sondern verwaltete Wien nur als Administrator.
Als Prediger hatte er großen Zulauf und war um Ausgleich mit den Protestanten bemüht. Er trat für die Priesterehe ein. Mit Zustimmung des Papstes Pius IV. spendete er 1564 in Wien den Laienkelch. Die erhofften Konversionen der evangelischen Christen blieben aber aus. 1568 resignierte er auf das Bistum Wien und war bis zu seinem frühen Tod nur mehr Bischof von Gurk.
Karl Kranner: Bischof Urban Sagstetter von Gurk und das Religionsproblem in Innerösterreich. Innsbruck 1958, (Innsbruck, Universität, Dissertation, 1958).
Jakob Obersteiner: Die Bischöfe von Gurk. 1072–1822 (= Aus Forschung und Kunst. 5, ISSN0067-0642). Verlag des Geschichtsvereins für Kärnten, Klagenfurt 1969, S. 310–331.
Ernst Tomek: Kirchengeschichte Österreichs. Band 2: Humanismus, Reformation und Gegenreformation. Tyrolia, Innsbruck u. a. 1949.
Josef Wodka: Kirche in Österreich. Wegweiser durch ihre Geschichte. Herder, Wien 1959.