1970 begann seine Mitarbeit im Dokumentationsarchiv des österreichischen Widerstandes, dessen wissenschaftlicher Leiter er von 1983 bis November 2004 als Nachfolger von Herbert Steiner war; ihm folgte Brigitte Bailer-Galanda.
Neugebauer erfüllt Lehraufträge an den Universitäten Wien, Linz, Graz, Klagenfurt und Salzburg. 1995 wurde er zum Honorarprofessor für Zeitgeschichte an der Universität Wien ernannt.
Er gehörte den Redaktionen grundlegender DÖW-Werke zum Rechtsextremismus in Österreich wie Rechtsextremismus in Österreich nach 1945 (5. Auflage 1981) und Handbuch des österreichischen Rechtsextremismus (2. Auflage 1993, Neuausgabe 1994) an.
Bauvolk der kommenden Welt. Geschichte der sozialistischen Jugendbewegung in Österreich (= Veröffentlichungen des Ludwig-Boltzmann-Instituts für Geschichte der Arbeiterbewegung). Europaverlag, Wien 1975, ISBN 3-203-50526-6.
(Hrsg.): Von der Utopie zum Terror. Stalinismus-Analysen (= Österreichische Texte zur Gesellschaftskritik. Bd. 59). Verlag für Gesellschaftskritik, Wien 1994, ISBN 3-85115-187-9.
mit Brigitte Bailer-Galanda: Haider und die „Freiheitlichen“ in Österreich (= Antifa-Edition). 2. Auflage, Elefanten-Press, Berlin 1997, ISBN 3-88520-638-2.
mit Eberhard Gabriel (Hrsg.): Zur Geschichte der NS-Euthanasie in Wien. Böhlau, Wien u. a. 1999 ff.
mit Kurt Scholz, Peter Schwarz (Hrsg.): Julius Wagner-Jauregg im Spannungsfeld politischer Ideen und Interessen. Eine Bestandsaufnahme. Beiträge des Workshops vom 6./7. November 2006 im Wiener Rathaus (= Wiener Vorlesungen: Forschungen. Bd. 3). Lang, Frankfurt am Main u. a. 2008, ISBN 978-3-631-58122-3.
Der österreichische Widerstand 1938–1945. Überarbeitete und erweiterte Fassung, Edition Steinbauer, Wien 2015, ISBN 978-3-902494-74-0.
(Hrsg.): Aufrechter Gang in neuen Zeiten. Ernst Nedwed – Sozialdemokrat, Volksbildner, Antifaschist. Carl Gerold’s Sohn Verlagsbuchhandlung, Wien 2015, ISBN 978-3-900812-49-2.
Literatur
Brigitte Bailer-Galanda, Christa Mehany-Mitterrutzner, Christine Schindler (Hrsg.): Themen der Zeitgeschichte und der Gegenwart. Arbeiterbewegung – NS-Herrschaft – Rechtsextremismus. Ein Resümee aus Anlass des 60. Geburtstags von Wolfgang Neugebauer (= Schriftenreihe des Dokumentationsarchivs des Österreichischen Widerstandes zu Widerstand, NS-Verfolgung und Nachkriegsaspekten. Bd. 4). Lit, Wien 2004, ISBN 3-8258-7549-0.
Peter Steinbach: Ein Glücksfall. Zum 70. Geburtstag von Wolfgang Neugebauer. In: DÖW-Jahrbuch (2015), S. 317–322.