Rifuĝintaj indiĝenoj fondis Abeokuta-on en 1825. Ili kaŝiĝis de sklavoĉasistoj ĉe la rokoj. Baldaŭe oni ĉirkaŭis la domaron je defenda muro 32 km-ojn longa kaj 3 m-ojn alta kaj iĝis memstara urboŝtato. La loĝantoj estis precipe joruboj. En 1847 baptistaj kaj anglikanaj misiistoj funkciigis lernejojn. En 1851 la joruboj venkis la sklavoĉasistojn kaj en 1864 ili venkis la eksterajn ribelistojn, sed en 1914 la britoj okupis la ŝtaton. Pli frue jam en 1899 la britoj konstruis fervojon al Lagoso. Ekde 1988universitato funkcias en la urbo.
