Bouma aloitti ammattilaisuransa PSV Eindhovenissa vuonna 1994, mutta ei saanut joukkueessa paljoa peliaikaa ja siirtyi vuonna 1996 lainasopimuksella Eerste DivisienMVV Maastrichtiin ja oli mukana seuraavalla kaudella nostamassa joukkuetta takaisin korkeimmalle sarjatasolle. Kauden 1998–1999 hän pelasi Fortuna Sittardissa ja siirtyi seuraavaksi kaudeksi takaisin PSV:hen, missä hän pelasi lähinnä vasemmalla laidalla ja hyökkäyspäässä.