Le lieu est mentionné dès 878 sous la forme in Aras. On le retrouve à partir du XIIIe siècle sous sa forme actuelle d'Ares avec d'autres comme Aris, Aras, Areis... Au XIVe siècle, le col est aussi appelé Coll de Turtur[4].
Le toponyme Ares, très fréquent et utilisé essentiellement pour des cols, a une origine ancienne peu certaine. Selon Lluís Basseda, l'étymologie la plus probable est le mot latinAra, qui désigne un autel, en référence aux anciennes pierres, souvent ornées, élevées près des cols afin de signaler leurs emplacement[4].
À partir du , durant la Retirada, en deux semaines seulement, 100 000 réfugiés espagnols passent le col d'Ares, et sont dirigés sur Prats-de-Mollo. Pour accueillir ces réfugiés on construit quatre camps de concentration dans la vallée du Tech. De plus, en ce temps-là, la route en provenance de l'Espagne s'arrête net au col d'Ares et ne permet pas la circulation des véhicules avant quatre kilomètres plus bas du côté français. Des centaines de véhicules civils et militaires sont alors abandonnés dans la montée du côté espagnol et, pour nombre d'entre eux, poussés dans le ravin et incendiés afin d'éviter leur utilisation par les armées franquistes[5]. Le à 14 h 15 la frontière est fermée, et ensuite gardée par les soldats nationalistes espagnols du général Franco[5].
La route moderne sur le versant français est ouverte en 1965[6].
Lluís Basseda, Toponymie historique de Catalunya Nord, t. 1, Prades, Revista Terra Nostra, , 796 p.
Jean Dauriach, Dans le fracas des camions : matériel et camps automobiles des Républicains espagnols dans les Pyrénées-Orientales, 1936-1940, Canet-en-Roussillon, Éditions Trabucaire, coll. « Història », , 206 p. (ISBN978-2-84974-187-0, BNF43769892)
Claude Roux, Didier Masson, Olivier Bricaud, Clother Coste et Serge Poumarat, « Flore et végétation des lichens et champignons lichénicoles de quatre réserves naturelles des Pyrénées–Orientales (France) », Bull. Soc. linn. Provence, no spécial 14,