Le format de cette compétition est modifié en 1998 ; la phase de groupes est supprimée, et la compétition devient un tournoi intégralement à élimination directe, en cinq tours aller-retour[1].
60 équipes provenant des associations membres de l'UEFA participent à la Coupe Intertoto 1998, leur tour d'entrée est déterminé suivant la règle suivante[1] :
Huit équipes parmi les huit meilleures associations au classement UEFA entrent au troisième tour ;
Douze équipes parmi les douze meilleures associations au classement UEFA entrent au deuxième tour ;