Au début des années 1930, les Pirates de Pittsburgh de la LNH déménagent à Philadelphie et sont renommés Quakers ; après une seule saison où Philadelphie ne remporte que quatre de ses 44 matchs, les Quakers sont dissous par la ligue[1].
Avant la venue des Flyers en 1967, plusieurs équipes de circuits mineurs et professionnels ont œuvré à Philadelphie. Lorsque la LNH se met à la recherche de nouvelles villes pour son expansion de 1967, la planification d'un nouvel aréna majeur démarre. Aussitôt la franchise accordée à Bill Putnam et Jerry Wolman, ces derniers achètent les As de Québec de la Ligue américaine de hockey pour en faire leur club école.
Lors de la première saison, les Flyers terminèrent au premier rang de la division Ouest. Dans le dernier mois de la saison, le toit du Spectrum s'effondre après une tempête printanière et les Flyers doivent jouer leurs matchs locaux au Colisée de Québec. Les As accueillent les Flyers dans leur domicile du Colisée pour la portion de cinq parties entre le 10 et le . À cause des réparations, ils ne peuvent jouer dans leur aréna.
Les Blues de Saint-Louis les éliminent en sept rencontres lors de la première ronde des séries éliminatoires.
Après la saison 1971-1972, Ed Snider embauche Fred Shero comme d'entraîneur chef ; ce dernier met en place les « Broad Street Bullies » qui terrorisent leurs adversaires par leur jeu physique. De nouveaux visages prennent place dans l'alignement : Bill Barber et Rick MacLeish rejoignent Ed Van Impe, Bobby Clarke, Barry Ashby et Bernie Parent. La saison 1973-1974 marque le début de la domination des Flyers qui accèdent à trois finales consécutives de la Coupe Stanley, gagnant le championnat lors des deux premières occasions. Bernie Parent se voit remettre le trophée Conn-Smythe à chaque fois. Trois saisons après, les Flyers retrouvent la finale en 1980, mais sont vaincus par les Islanders de New York qui remportent la première de leurs quatre Coupes Stanley consécutives. Bobby Clarke annonce sa retraite à la suite de la saison 1983-1984 et est nommé directeur général de l'équipe quelques mois plus tard. La saison suivante marque l'émergence d'un jeune gardien suédois, Per-Eric Lindbergh, qui remporte ensuite le Trophée Vézina. Malgré la perte de Clarke, les Flyers marquent 113 points et accèdent à la finale où ils s'inclinent face aux Oilers d'Edmonton. En , Pelle Lindbergh se tue dans un accident de voiture après une séance d'entraînement des Flyers. Il est remplacé par Bob Froese et, malgré cette perte, les Flyers connaissent une autre bonne saison sous la gouverne de l'entraîneur Mike Keenan. Les Flyers, emmenés par Brian Propp, Tim Kerr, Mark Howe, Ilkka Sinisalo ou Dave Poulin s'inclinent face aux Rangers de New York en première ronde des séries éliminatoires.
Eric Lindros, repêché par les Nordiques de Québec, refuse de rejoindre les Nordiques et est échangé aux Flyers en retour de Peter Forsberg, Steve Duchesne, Kerry Huffman, Mike Ricci, Ron Hextall, deux premiers choix de repêchage des Flyers, (Jocelyn Thibault), 15 000 000 dollars et des considérations futures (Chris Simon). Lors de sa première saison avec Philadelphie en 1992-1993, Lindros marque 41 buts en 61 matchs, mais les Flyers ratent les séries pour une 4e année consécutive malgré les contributions significatives de Mark Recchi et Rod Brind'Amour. L'année suivante, ils sont encore une fois éliminés des séries et Bobby Clarke revient à Philadelphie en tant que directeur général et succède à Farwell. À l'aube de la saison écourtée par le lock out en 1994-1995, Clarke nomme Terry Murray entraîneur chef et acquiert John Leclair, Eric Desjardins et Gilbert Dionne des Canadiens de Montréal contre Mark Recchi. Les années suivantes sont marquées par les nombreuses blessures de Lindros. LeClair devient le premier compteur de 50 buts en une saison des Flyers depuis Tim Kerr, performance qu'il trois fois. Malgré de bonnes saisons régulières, les Flyers ne parviennent pas à remporter la Coupe Stanley et les entraîneurs se succèdent à la tête de l'équipe. De même, de nombreux gardiens se suivent devant les filets de l'équipe : entre 1998 et 2004, Hextall, John Vanbiesbrouck, Brian Boucher, Roman Čechmánek, Sean Burke et Robert Esche occupe le poste de gardien numéro un. En 2000, Lindros est échangé aux Rangers de New York, laissant la tâche à LeClair, Recchi, Keith Primeau, Simon Gagné et Éric Desjardins de garder l'équipe au sommet. Lors des saisons suivantes, les Flyers recrutent de nombreux joueurs autonomes : Jeremy Roenick signe en 2001 et Tony Amonte est obtenu de Phoenix à la fin de la saison 2002-2003. Après une autre bonne saison sous les ordres de Ken Hitchcock en 2003-2004, les Flyers s'inclinent en finale d'Association face au futur champion de la coupe Stanley, le Lightning de Tampa Bay.
La saison 2006-2007 reste dans l'histoire des Flyers comme l'une des plus médiocres. En effet, l'équipe dirigée par Ken Hitchcock, remplacé par John Stevens en début d'année, établit plusieurs records d'équipe, dont le plus grand nombre de défaites (48), la plus petite récolte de points (56), le plus de défaites consécutives (10) et le plus de défaites consécutives à domicile (12). Ils battent également le record de la LNH pour la plus importante régression entre deux saisons : de 101 points et le titre de la division Atlantique en 2005-2006, Philadelphie descend à seulement 56 points au dernier rang de la ligue lors de la dernière saison.
Lors de la saison 2009-2010, les Flyers deviennent la troisième équipe seulement, après les Maple Leafs de Toronto en 1942 et les Islanders de New York en 1975, à remporter une série jouée au meilleur des 7 matchs après avoir perdu les trois premières rencontres. Ils réussissent cet exploit contre les Bruins de Boston en demi-finale d'Association[2]. Ils atteignent la finale de la Coupe Stanley qu'ils perdent 4 parties à 2 face aux Blackhawks de Chicago.
Porteuse du numéro 00, la mascotte Gritty est dévoilée le [3].
Le tableau suivant présente les statistiques des joueurs de l'histoire de la franchise ayant dépassé le cap des 500 points en carrière avec les Flyers de Philadelphie. Les statistiques sont mises à jour à la fin de la saison 2017-2018[8]. Les joueurs en gras sont toujours en activité.
Chaque année et depuis 1963, les joueurs des ligues juniors ont la possibilité de signer des contrats avec les franchises de la LNH. Cette section présente les joueurs qui ont été choisis par les Flyers lors du premier tour. Ces choix peuvent être échangé et ainsi, une année les Flyers peuvent très bien ne pas avoir eu de choix de premier tour ou à l'inverse, en avoir plusieurs[9].
↑ a et bLes défaites en prolongation apparaissent lors de la saison 1999-2000, les matchs nuls disparaissent au début de la saison 2005-2006.
↑Le pourcentage de victoires est calculé en prenant en compte le nombre de points gagnés par match : 2 points pour une victoire, 1 point pour un match nul ou une défaite en prolongation, 0 point pour une défaite en temps réglementaire.