Cette même année 1916, désormais diplômé, il obtient un premier poste d'enseignant (composition et théorie musicale) à l'Université du Pacifique (Californie). En 1921, ayant gagné le prix de Rome américain (Rome Prize) (catégorie "Composition musicale"), il séjourne trois années dans la capitale italienne, où il est en résidence de 1922 à 1924 à l'American Academy. Là, il compose plusieurs œuvres, notamment sa première symphonie, créée à Rome sous sa direction en 1923.
En 1924, de retour aux États-Unis, il commence à y diriger ses compositions pour orchestre, dont ladite symphonie no 1, jouée en première américaine à Rochester. À cette occasion, il est remarqué par George Eastman, fondateur de l'Eastman School of Music au même lieu, et qui lui en propose la direction. Howard Hanson occupera ce poste de directeur durant quarante ans, jusqu'en 1964. Sous son impulsion, cette école de musique privée (associée néanmoins à l'Université de Rochester) deviendra l'une des plus importantes aux États-Unis. Le compositeur créera en 1925 un programme de concerts destiné à promouvoir la musique "classique" américaine, non seulement la sienne mais aussi celle de ses collègues. De plus, il fondera l'Eastman-Rochester Symphony Orchestra (comprenant des membres de l'Orchestre philharmonique de Rochester et des étudiants de l'école de musique), à la tête duquel il défendra la musique de William Grant Still, Samuel Barber, Walter Piston, Morton Gould, entre autres. Outre ces deux formations symphoniques, Hanson dirigera notamment l'Orchestre symphonique de Boston, avec lequel il nouera des liens privilégiés et qui créera plusieurs de ses œuvres, tant sous sa direction (ainsi, sa symphonie no 4 en 1943 — qui se verra décerner le Prix Pulitzer de musique, en 1944 —) que sous celle de Serge Koussevitzky (créateur de sa symphonie no 2 en 1930) ou de Charles Munch (créateur de son Elegy — à la mémoire de Koussevitzky — en 1956).
En marge de ses activités au sein de l'Eastman School of Music (qu'il poursuivra après en avoir quitté la direction), il collabore avec divers organismes à vocation culturelle dont, entre 1946 et 1962, l'UNESCO (laquelle lui commande en 1949 sa Pastorale pour hautbois et piano) et, en 1961-1962, effectue des tournées en Europe et en Égypte, à la tête d'un orchestre d'étudiants de son école, l'Eastman Philharmonia. N'ayant, en fait, jamais cessé de composer et de diriger jusqu'à son décès en 1981, il écrira également des ouvrages théoriques, dont Harmonic Materials of Modern Music : Resources of the Tempered Scale (publié en 1960 aux éditions Irvington).