Le président de la République est élu au scrutin indirect par le parlement fédéral de Somalie pour un mandat de quatre ans, renouvelable une seule fois. L'élection requiert la présence d'au moins deux tiers des membres de chaque chambre du parlement, composé des 275 membres de la Chambre du peuple, et des 54 membres du Sénat[2],[3]. Les candidats doivent obtenir le soutien d'au moins vingt membres de la chambre basse ou un membre de la chambre haute pour pouvoir se présenter[2].
Le système utilisée est une forme modifiée du scrutin uninominal majoritaire à deux tours. Est élu le candidat obtenant la majorité qualifiée de deux tiers du total des membres du parlement, soit 220 voix. À défaut, un second tour est organisé entre les quatre candidats arrivés en tête, et est élu celui recueillant la majorité des deux tiers. Si aucun candidat n'est élu lors des deux premiers tours de scrutin, un troisième est organisé entre les deux candidats arrivés en tête au second tour, et celui recueillant la majorité absolue est déclaré élu[2].
Après le , aucun gouvernement de la Somalie n'a été reconnu internationalement. Ali Mahdi Mohamed continua à revendiquer la présidence mais il n'exerçait plus aucun pouvoir. Le , le seigneur de guerre Mohamed Farrah Aidid réclama à son tour la présidence jusqu'à sa mort le . Son fils, Hussein Mohamed Farrah, reprit les revendications de son père à son compte jusqu'au .